转录组是在特定时空条件下细胞中基因转录表达产物,广义的转录组包括信使RNA,核糖体RNA,转运RNA及非编码RNA,狭义上是指所有mRNA的集合,转录组分析能够获得不同基因的表达情况。 1. 数据来源 假设有两个不同组织(PR和SR),每个组织各区三个样本,一共六个样本,利用illumina平台进行转录组测序,得到双端测序数据。数据...
虽然将读取序列映射到参考序列的时间远远早于scRNA-seq出现的时间,但当前scRNA-seq样本规模的快速增长(通常为数亿至数十亿个读取)使得该阶段的计算量特别大。此外,使用RNA-seq对齐器需要使用单独的工具来执行其他步骤,例如解复用demultiplexing和UMI分解。这种增加的步骤在计算上可能会很麻烦。此外,它通常需要大量的磁盘...
1、北京大学生科院/CLS 生物信息平台RNA-Seq 测序数据分析服务流程(试运行2015.3平台联系人:李程(文档撰写:张超Table of Contents1. 测序质量评估(31.1 测序数据过滤(31.2 质量值分布(31.3GC 含量分布(42. 参考序列比对(43. 基因表达水平(63.1 基因表达水平定量(63.2 基因表达水平分步(63.3 生物学重复相关性分析(...
10.载入所述流程容器运行所需的运行环境,调用所述流程容器中封装的全局脚本,生成一个数据分析项目对rna-seq数据进行数据分析; 11.其中,生成一个数据分析项目对rna-seq数据进行数据分析包括步骤: 12.运行全局脚本,创建一个数据分析项目文件夹,其设有一一对应存放原始测序数据、流程各步骤分析的结果和中间文件、流程运行...
③首先totalrna(总rna)→然后smallrna,再3’端,5’端接头连接→逆转录合成cdna片段→制备测序文库及测序; ④原始测序数据→序列数据的质量评估(qc)→序列数据的预处理或者(a.qc图:碱基分布、每个循环的质量和b.质控报告:总序列数、总碱基数、碱基q20比例,测序的长度)→由序列数据的预处理分别进行转录组对比或者...
RNA-Seq 测序数据分析服务流程 (试运行)北京大学生科院/CLS生物信息平台 RNA-Seq测序数据分析服务流程 （试运行）2015.3 平台联系人：李程（lch3000@gmail.com）文档撰写：张超