3. 查看不同分组的聚类情况:样本hclust 图、距离热图、PCA图、差异基因热图、相关性热图 承接上节RNA-seq入门实战(三):从featureCounts与Salmon输出文件获取counts矩阵在进行差异分析前需要进行数据检查,保证我们的下游分析是有意义的。 以下展示了样本hclust 图、距离热图、PCA图、前500差异性大的基因热图、相关性热图...
承接上节RNA-seq入门实战(三):在R里面整理表达量counts矩阵和RNA-seq入门实战(二):上游数据的比对计数——Hisat2+ featureCounts 与 Salmon 在进行差异分析前需要进行数据检查,保证我们的下游分析是有意义的。 以下展示了样本hclust 图、距离热图、PCA图、前500差异性大的基因热图、相关性热图(选取了500高表达基因,...
数据预处理, 进行样本间具有可比性 boxplot查看样本的基因整体表达情况 查看不同分组的聚类情况:样本hclust 图、距离热图、PCA图、差异基因热图、相关性热图 承接上节RNA-seq入门实战(三):从featureCounts与Salmon输出文件获取counts矩阵 在进行差异分析前需要进行数据检查,保证我们的下游分析是有意义的。 以下展示了样本...
承接上节RNA-seq入门实战(三):在R里面整理表达量counts矩阵和RNA-seq入门实战(二):上游数据的比对计数——Hisat2+ featureCounts 与 Salmon 在进行差异分析前需要进行数据检查,保证我们的下游分析是有意义的。 以下展示了样本hclust 图、距离热图、PCA图、前500差异性大的基因热图、相关性热图(选取了500高表达基因,...
RNA-seq入门实战(一):上游数据下载、格式转化和质控清洗 RNA-seq入门实战(二):上游数据的比对计数——Hisat2+ featureCounts 与 Salmon RNA-seq入门实战(三):在R里面整理表达量counts矩阵 RNA-seq入门实战(四):差异分析前的准备——数据检查 RNA-seq入门实战(五):差异分析——DESeq2 edgeR limma的使用与比较 ...
承接前期文章:RNA-seq入门实战(四):差异分析前的准备——数据检查 一、DESeq2、 edgeR、limma的使用 强烈建议查看官方说明书进行这三种差异分析的学习,链接在文章末尾给出。 注意,这三个包都需要输入counts进行分析,不能用tpm、fpkm等归一化后的数据。 正式分析前先进行目录设置、实验组和对照组的指定: ...
以上就是进行RNA-seq流程前的全部准备了,下一步就可以开始进行上游数据下载、格式转化和质控清洗等步骤啦 参考资料 GitHub - jmzeng1314/GEO (强烈推荐学习) 【生信技能树】生信人应该这样安装软件_哔哩哔哩_bilibili 【生信技能树】生信分析入门环境搭建_哔哩哔哩_bilibili ...
RNA-seq入门实战整体分析流程 前言: 进行RNA-seq入门实战首先需要有一定的linux与R基础,推荐跟着B站生信技能树-jimmy老师学习打牢基础: 【生信技能树】生信人应该这样学linux(更新至第14集)_哔哩哔哩_bilibili 【生信技能树】生信人应该这样学R语言_哔哩哔哩_bilibili ...
承接上节:RNA-seq入门实战(四):差异分析前的准备——数据检查,以及RNA-seq入门实战(五):差异分析——DESeq2 edgeR limma的使用与比较 本节概览:1.获取DEG结果的上下调差异基因2.bitr()函数转化基因名为entrez ID3.利用clusterProfiler进行KEGG与GO富集4.用enrichplot进行富集结果可视化:pathview goplot barplot do...
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