To perform the median of ratios method of normalization, DESeq2 has a singleestimateSizeFactors()function that will generate size factors for us. We will use the function in the example below, but in a typical RNA-seq analysis this step is automatically performed by theDESeq()function, which...
https://github.com/jmzeng1314/GEO/tree/master/airway_RNAseq 差异基因后是不是也可以批量GO/KEGG数据库注释呢? 当然是啊,都会写代码了,还有什么是不能为所欲为的呢? 同样的,代码也是在GitHub,需要你仔细理解,不过我有一个小小的要求,请不要把我的代码雪藏,或者刻意隐瞒。 https://github.com/jmzeng1314/G...
https://github.com/jmzeng1314/GEO/tree/master/airway_RNAseq 差异基因后是不是也可以批量GO/KEGG数据库注释呢? 当然是啊,都会写代码了,还有什么是不能为所欲为的呢? 同样的,代码也是在GitHub,需要你仔细理解,不过我有一个小小的要求,请不要把我的代码雪藏,或者刻意隐瞒。 https://github.com/jmzeng1314/G...
可以看到,下面的代码非常简洁,因为仅仅是使用了run_DEG_RNAseq函数,就根据表达矩阵和分组信息,完成了全部的分析! rm(list = ls()) options(stringsAsFactors =F) load(file ='airway_exprSet.Rdata') group_list group_list=relevel(group_list,ref ='untrt')source('run_DEG_RNA-seq.R') run_DEG_RNAse...