他前面的分享是: Counts FPKM RPKM TPM CPM 的转化 获取基因有效长度的N种方 下面是他对我们b站转录组视频课程的详细笔记 承接上节:RNA-seq入门实战(四):差异分析前的准备——数据检查,以及RNA-seq入门实战(五):差异分析——DESeq2 edgeR limma的使用与比较 本节概览:1.STRING数据库基本介绍 2.STRING R语言...
RNA-seq入门实战(一):上游数据下载、格式转化和质控清洗 RNA-seq入门实战(二):上游数据的比对计数——Hisat2+ featureCounts 与 Salmon RNA-seq入门实战(三):从featureCounts与Salmon输出文件获取counts矩阵 RNA-seq入门实战(四):差异分析前的准备——数据检查 RNA-seq入门实战(五):差异分析——DESeq2 edgeR limma...
RNA-seq入门实战(四):差异分析前的准备——数据检查 RNA-seq入门实战(五):差异分析——DESeq2 edgeR limma的使用与比较 RNA-seq入门实战(六):GO、KEGG富集分析与enrichplot超全可视化攻略 RNA-seq入门实战(七):GSEA——基因集富集分析 RNA-seq入门实战(八):GSVA——基因集变异分析 RNA-seq入门实战(九):...
RNA-seq入门实战(一):上游数据下载、格式转化和质控清洗 RNA-seq入门实战(二):上游数据的比对计数——Hisat2+ featureCounts 与 Salmon RNA-seq入门实战(三):在R里面整理表达量counts矩阵 RNA-seq入门实战(四):差异分析前的准备——数据检查 RNA-seq入门实战(五):差异分析——DESeq2 edgeR limma的使用与比较 ...
1. Linux下RNA-seq环境创建:Ubuntu子系统下载安装、Mniconda3与上游分析软件下载 2. R下RNA-seq环境创建 :R与Rstudio下载安装、Bioconductor与R包下载 1. Linux环境设置 1.1 Linux系统的创建——Ubuntu 运行Linux系统一般使用服务器或者个人电脑的虚拟机(Virtualbox、VMware)和子系统,下面简单介绍Windows子系统的安装...
顺接上节RNA-seq入门实战(九):PPI蛋白互作网络的构建——STRING数据库的使用,在得到目的基因的蛋白互作关系数据后,可以将数据导入Cytoscape软件进行个性化的可视化操作,本节中介绍Cytoscape_3.9.1基本用法。 下列文章很详细介绍了Cytoscape的使用,推荐阅读:
一、DESeq2、edgeR、limma的使用 强烈建议查看官方说明书进行这三种差异分析的学习,链接在文章末尾给出。 注意,这三个包都需要输入counts进行分析,不能用tpm、fpkm等归一化后的数据。 承接上节RNA-seq入门实战(三):在R里面整理表达量counts矩阵和RNA-seq入门实战(二):上游数据的比对计数——Hisat2+ featureCounts...
RNA-seq技术,也被称为转录组测序,是一种通过高通量测序技术来精确揭示基因表达谱的方法。它能够捕捉细胞内RNA的大规模变化,帮助我们深入了解生物过程和疾病机制。以下是RNA-seq分析的详细步骤和资源,帮助你快速掌握转录组分析的技巧。一、RNA-seq的基本概念 📚 ...
顺接上节RNA-seq入门实战(九):PPI蛋白互作网络的构建——STRING数据库的使用,在得到目的基因的蛋白互作关系数据后,可以将数据导入Cytoscape软件进行个性化的可视化操作,本节中介绍Cytoscape_3.9.1基本用法。 下列文章很详细介绍了Cytoscape的使用,推荐阅读:Cytoscape史上最全攻略 (qq.com)cytoscape及APP(插件)使用手册 ...
什么是单细胞 RNA 测序(scRNA-Seq)数据? 单细胞 RNA 测序(single-cell RNA seq,scRNA-Seq)是一种用于分析单个细胞中基因表达水平的技术。即可以在单个细胞的水平上检测 RNA 表达。传统的 RNA 测序( Bulk RNA-Seq)方法只能测量样本整体的表达水平,而不能反映细胞间的异质性。