一、DESeq2、edgeR、limma的使用 强烈建议查看官方说明书进行这三种差异分析的学习,链接在文章末尾给出。 注意,这三个包都需要输入counts进行分析,不能用tpm、fpkm等归一化后的数据。 承接上节RNA-seq入门实战(三):在R里面整理表达量counts矩阵和RNA-seq入门实战(二):上游数据的比对计数——Hisat2+ featureCounts...
本节概览:1.获取DEG结果的上下调差异基因2.bitr()函数转化基因名为entrez ID3.利用clusterProfiler进行KEGG与GO富集4.用enrichplot进行富集结果可视化:pathview goplot barplot dotplot cnetplot emapplot treeplot heatplot upsetplot 1. 获取DEG结果的上下调差异基因 载入上节RNA-seq入门的简单实战(五)中保存的三...
基因富集分析(Gene Enrichment Analysis)是一种常用的生物信息学方法,用于解释在基因组或基因集合中出现的显著富集的功能或特定特征。这种分析用于高通量基因表达数据的解释,比如基因芯片数据或RNA测序数据。 基本原理是将感兴趣的基因集与参考基因组或已知的基因功能注释进行比较。这个过程涉及到统计分析,用于确定是否某个...
承接上期文章:RNA-seq入门实战(五):差异分析——DESeq2 edgeR limma的使用与比较,一下介绍用差异基因进行GO、KEGG富集分析与enrichplot可视化 1. 获取DEG结果的上下调差异基因 载入上节RNA-seq入门的简单实战(五)中保存的三种差异分析结果数据,这里示范选取DESeq2的结果数据,进行筛选条件设置后获取上下调基因名 rm(...
第二次RNA-seq实战总结(2)-数据下载并进行数据处理 第二次RNA-seq实战总结(1)软件的准备加入讨论的问答专区 > 怪盗LYL 1软件测试擅长4个领域 提问 你好,monocle能不能做常规的差异基因表达分析啊,就是获得一个差异表达的基因列表???求助求助? 家族分析找到的基因,基因启动子上如何找snp? 基因表达矩阵基因ID?
番茄转录组分析实战:RNA-Seq质量检测 一、RNA-Seq原理介绍 如果想要理解为什么RNA-Seq需要做质量控制(Quality Control)和预处理,我们首先需要简单了解RNA-Seq的实验部分。RNA-Seq实验部分: 注意,我们这里的RNA-Seq指的是mRNA-Seq,另外大家如果觉得看文字不过瘾,可以搜索『陈巍学基因』,其中有mRNA-Seq测序的视频。
前言:进行RNA-seq入门实战首先需要有一定的linux与R基础,推荐跟着B站生信技能树-jimmy老师学习打牢基础:【生信技能树】生信人应该这样学linux(更新至第14...
RNA-seq入门实战整体分析流程 本节概览: 1.在文章中找到 GEO accession number, 从NCBI获取数据SRR号 2.在linux中使用prefetch命令根据SRR号下载SRA文件 3.使用fasterq-dump/fastq-dump命令将SRA文件转为FASTQ格式,pigz软件多线程压缩(可选) 4.使用fastqc和multiqc进行测序数据的质控查看 ...
作者注:虽然是实战,其实只能称得上学习笔记而已,初学过程中参考了大量博客和帖子,还有大神引用的大牛的帖子,参考列表见最后。 1、软件安装 1.1 硬件系统情况 系统:BioLinux8(ubuntu14.04.2-x64) 吐槽个一下这个系统,普通帐户竟然环境变量错误(source ~/.bashrc),对我等小白来说实在头大,只有用root用户运行了。
作者注:虽然是实战,其实只能称得上学习笔记而已,初学过程中参考了大量博客和帖子,还有大神引用的大牛的帖子,参考列表见最后。 1、软件安装 1.1 硬件系统情况 系统:BioLinux8(ubuntu14.04.2-x64) 吐槽个一下这个系统,普通帐户竟然环境变量错误(source ~/.bashrc),对我等小白来说实在头大,只有用root用户运行了。