承接上节RNA-seq入门实战(二):上游数据的比对计数——Hisat2与Salmon之前已经得到了featureCounts与Salmon输出文件(counts、salmon)和基因ID转化文件(g2s_vm25_gencode.txt、t2s_vm25_gencode.txt)。 一般为了对样品进行分组注释我们还需要在GEO网站下载样品Metadata信息表SraRunTable.txt,接下来就需要在R中对输出...
承接上节RNA-seq入门实战(二):上游数据的比对计数——Hisat2与Salmon之前已经得到了featureCounts与Salmon输出文件(counts、salmon)和基因ID转化文件(g2s_vm25_gencode.txt、t2s_vm25_gencode.txt)。 一般为了对样品进行分组注释我们还需要在GEO网站下载样品Metadata信息表SraRunTable.txt,接下来就需要在R中对输出...
承接上节RNA-seq入门实战(二):上游数据的比对计数——Hisat2与Salmon 之前已经得到了featureCounts与Salmon输出文件(counts、salmon)和基因ID转化文件(g2s_vm25_gencode.txt、t2s_vm25_gencode.txt)。一般为了对样品进行分组注释我们还需要在GEO网站下载样品Metadata信息表SraRunTable.txt,接下来就需要在R中对输出...
用tximport包读取quant.sf构建counts与TPM矩阵;样品的重命名和分组;初步过滤低表达基因与保存counts数据 承接上节RNA-seq入门实战(二):上游数据的比对计数——Hisat2与Salmon之前已经得到了featureCounts与Salmon输出文件(counts、salmon)和基因ID转化文件(g2s_vm25_gencode.txt、t2s_vm25_gencode.txt)。 一般为了对...
承接上节RNA-seq入门实战(三):从featureCounts与Salmon输出文件获取counts矩阵在进行差异分析前需要进行数据检查,保证我们的下游分析是有意义的。 以下展示了样本hclust 图、距离热图、PCA图、前500差异性大的基因热图、相关性热图(选取了500高表达基因,防止低表达基因造成的干扰),确定我们不同样本间确实是有差异的。这...
三、 SRA文件转为FASTQ格式 主要利用了sra-tool中的fasterq-dump命令转化格式为fastq,之后用pigz软件多线程压缩为.gz文件节省空间(可略过),再用fastqc和multiqc进行原始数据的质控和质控汇总~ fasterq-dump/fastq-dump常用参数 同上,先创建 01_sra2fq_qc1.sh 脚本文件 ...
第三部分是排序后所有基因rank值(由log2FoldChang值计算得出)的分布,以灰色面积图显展示。 4.2 gsearank plot 绘制特定基因集的基因排序列表 gsearank()展示特定基因集的排序,横坐标为基因排序,纵坐标为ES值,利用cowplot和ggplot2包可以批量出图。 ## gsearank plot 绘制出属于特定基因集的基因排序列表##绘制up_...
三、 SRA文件转为FASTQ格式 主要利用了sra-tool中的fasterq-dump命令转化格式为fastq,之后用pigz软件多线程压缩为.gz文件节省空间(可略过),再用fastqc和multiqc进行原始数据的质控和质控汇总~ fasterq-dump/fastq-dump常用参数 同上,先创建 01_sra2fq_qc1.sh 脚本文件 ...
承接上节RNA-seq入门实战(二):上游数据的比对计数——Hisat2与Salmon之前已经得到了featureCounts与Salmon输出文件(counts、salmon)和基因ID转化文件(g2s_vm25_gencode.txt、t2s_vm25_gencode.txt)。 一般为了对样品进行分组注释我们还需要在GEO网站下载样品Metadata信息表SraRunTable.txt,接下来就需要在R中对输出...