获取ensembl_id或transcript_id转化的对应文件 承接上节RNA-seq入门实战(一)本节介绍使用hisat2或salmon这两种方法进行转录组上游数据的比对和计数。39个转录组分析工具,120种组合评估(https://www.nature.com/articles/s41467-017-00050-4)表明基于hisat2或salmon进行转录本定量都比较优秀。 一、hisat2 + feature...
RNA-seq入门实战(一):上游数据下载、格式转化和质控清洗 RNA-seq入门实战(二):上游数据的比对计数——Hisat2+ featureCounts 与 Salmon RNA-seq入门实战(三):从featureCounts与Salmon输出文件获取counts矩阵 RNA-seq入门实战(四):差异分析前的准备——数据检查 RNA-seq入门实战(五):差异分析——DESeq2 edgeR limma...
RNA-seq入门实战(三):从featureCounts与Salmon输出文件获取counts矩阵 RNA-seq入门实战(四):差异分析前的准备——数据检查 RNA-seq入门实战(五):差异分析——DESeq2 edgeR limma的使用与比较 RNA-seq入门实战(六):GO、KEGG富集分析与enrichplot超全可视化攻略 RNA-seq入门实战(七):GSEA——基因集富集分析 RNA-seq...
承接上节RNA-seq入门实战(一)本节介绍使用hisat2或salmon这两种方法进行转录组上游数据的比对和计数。39个转录组分析工具,120种组合评估(https://www.nature.com/articles/s41467-017-00050-4)表明基于hisat2或salmon进行转录本定量都比较优秀。 一、hisat2 + featureCounts 1. 获取hisat2比对索引文件 index官网...
接下来我们继续多时间点样本实战分析流程的第二部分:聚类和富集分析。第一部分的完整流程请参照:RNA-Seq 分析流程:多时间点样本分析实战(一) 多时间点数据的聚类 前面我们发现70% 的基因是差异表达的,几乎所有通路都受到处理的影响。因此,分析流程的下一步是根据基因表达对处理的动态反应进行聚类。
RNA-seq数据预处理有哪些关键步骤? DESeq2进行基因表达差异分析的基本原理是什么? 如何利用DESeq2进行批次效应校正?DESeq2是一个用于分析基因表达差异的R包,具体操作姚在R语言中运行 1.R语言安装DESeq2 代码语言:javascript 复制 >source("https://bioconductor.org/biocLite.R") >biocLite("DESeq2") 2.载入...
DESeq2是一个用于分析基因表达差异的R包,具体操作要在R语言中运行1.R语言安装DESeq2 >source("https://bioconductor.org/biocLite.R") >biocLite("DESeq2") 2.载入基因表达量文件,添加列名 > setwd("C:\\Users\\18019\\Desktop\\counts") > options(stringsAsFactors=FALSE) > control1<-read.table("...
这篇文章的数据适中,不仅可以用来做RNA-seq,后面我们还可以用来做CHIP-seq 1.用Aspera下载原始数据并存放到Sra文件夹里面 ~/.aspera/connect/bin/ascp-T-i/home/qiujunhui/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh-k1-l200m anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/...
在经历了第一次做·RNA-seq的摸爬滚打之后,我大概对RNA-seq的流程和要使用的软件有了一些了解,并知道了它们的用法,于是便做了第二次的RNA-seq,然后想做一个总结笔记 1.原始数据下载软件Aspera Aspera用于下载sra原始数据 将Aspera connect安装在Linux上 代码如下 ...
DESeq2是一个用于分析基因表达差异的R包,具体操作要在R语言中运行 1.R语言安装DESeq2 >source("https://bioconductor.org/biocLite.R") >biocLite("DESeq2") 2.载入基因表达量文件,添加列名 >setwd("C:\\Users\\18019\\Desktop\\counts")>options(stringsAsFactors=FALSE)>control1<-read.table("SRR957677...