获取ensembl_id或transcript_id转化的对应文件 承接上节RNA-seq入门实战(一)本节介绍使用hisat2或salmon这两种方法进行转录组上游数据的比对和计数。39个转录组分析工具,120种组合评估(https://www.nature.com/articles/s41467-017-00050-4)表明基于hisat2或salmon进行转录本定量都比较优秀。 一、hisat2 + feature...
RNA-seq入门实战(一):上游数据下载、格式转化和质控清洗 RNA-seq入门实战(二):上游数据的比对计数——Hisat2+ featureCounts 与 Salmon RNA-seq入门实战(三):从featureCounts与Salmon输出文件获取counts矩阵 RNA-seq入门实战(四):差异分析前的准备——数据检查 RNA-seq入门实战(五):差异分析——DESeq2 edgeR limma...
表明基于hisat2或salmon进行转录本定量都比较优秀。 [Gaining comprehensive biological insight into the transcriptome by performing a broad-spectrum RNA-seq analysis | Nature Communications] 一、hisat2 + featureCounts 1. 获取hisat2比对索引文件 index官网下载地址Download | HISAT2 (daehwankimlab.github.io...
DESeq2是目前最常用的差异分析R包。除了可以导入counts外,如果上游使用salmon,DESeq2官方还给出了直接导入tximport生成的txi对象的方法。counts与txi的获取见RNA-seq入门实战(三):在R里面整理表达量counts矩阵和RNA-seq入门实战(二):上游数据的比对计数——Hisat2+ featureCounts 与 Salmon 代码语言:javascript 代码运...
承接上节RNA-seq入门实战(一)本节介绍使用hisat2或salmon这两种方法进行转录组上游数据的比对和计数。39个转录组分析工具,120种组合评估(https://www.nature.com/articles/s41467-017-00050-4)表明基于hisat2或salmon进行转录本定量都比较优秀。 一、hisat2 + featureCounts ...
接下来我们继续多时间点样本实战分析流程的第二部分:聚类和富集分析。第一部分的完整流程请参照:RNA-Seq 分析流程:多时间点样本分析实战(一) 多时间点数据的聚类 前面我们发现70% 的基因是差异表达的,几乎所有通路都受到处理的影响。因此,分析流程的下一步是根据基因表达对处理的动态反应进行聚类。
1. DESeq2 DESeq2是目前最常用的差异分析R包。除了可以导入counts外,如果上游使用salmon,DESeq2官方还给出了直接导入tximport生成的txi对象的方法。counts与txi的获取见RNA-seq入门的简单实战(三):从featureCounts与Salmon输出文件获取counts矩阵 library(DESeq2) ...
-, 视频播放量 7、弹幕量 0、点赞数 0、投硬币枚数 0、收藏人数 0、转发人数 0, 视频作者 扌戈课钾arg653, 作者简介 ,相关视频:单细胞双疾病联合bulk转录组测序GSEA富集分析CIBERSORT免疫浸润,转录组结果解读、转录组数据分析实操、WGCNA分析个性化数据,【整整600集】清
DESeq2是一个用于分析基因表达差异的R包,具体操作要在R语言中运行1.R语言安装DESeq2 >source("https://bioconductor.org/biocLite.R") >biocLite("DESeq2") 2.载入基因表达量文件,添加列名 > setwd("C:\\Users\\18019\\Desktop\\counts") > options(stringsAsFactors=FALSE) > control1<-read.table("...
>>>importHTSeq 7)R BioLinux自带了,升级一下到3.4.1 sudo add-apt-repository ppa:marutter/rrutter sudo apt-getupdate sudo apt-getinstall r-baser-base-dev 8)rstudio conda install rstudio rstudio 2、读文章拿到测序数据 直接拿jimmy的脚本修改得来的。仔细分析项目数据后,得到要下载的数据是SRR3589958...