2. hisat2比对和samtools转化格式 先用hisat2比对基因组得到sam文件,再用samtools sort将sam文件格式转化与排序为bam文件(bam相当于二进制版的sam),之后samtools index建立索引(用于后续IGV内可视化),最后samtools flag 统计文件比对情况保存在文本中。其中samtools index与samtools flag为非必须步骤,可略过。sam相当于...
2. hisat2比对和samtools转化格式 先用hisat2比对基因组得到sam文件,再用samtools sort将sam文件格式转化与排序为bam文件(bam相当于二进制版的sam),之后samtools index建立索引(用于后续IGV内可视化),最后samtools flag 统计文件比对情况保存在文本中。其中samtools index与samtools flag为非必须步骤,可略过。sam相当于...
2. hisat2比对和samtools转化格式 先用hisat2比对基因组得到sam文件,再用samtools sort将sam文件格式转化与排序为bam文件(bam相当于二进制版的sam),之后samtools index建立索引(用于后续IGV内可视化),最后samtools flag 统计文件比对情况保存在文本中。其中samtools index与samtools flag为非必须步骤,可略过。sam相当于...
2. hisat2比对和samtools转化格式 先用hisat2比对基因组得到sam文件,再用samtools sort将sam文件格式转化与排序为bam文件(bam相当于二进制版的sam),之后samtools index建立索引(用于后续IGV内可视化),最后samtools flag 统计文件比对情况保存在文本中。其中samtools index与samtools flag为非必须步骤,可略过。sam相当于...
RNA-seq入门实战(二):上游数据的比对计数——Hisat2+ featureCounts 与 Salmon RNA-seq入门实战(三):从featureCounts与Salmon输出文件获取counts矩阵 RNA-seq入门实战(四):差异分析前的准备——数据检查 RNA-seq入门实战(五):差异分析——DESeq2 edgeR limma的使用与比较 ...
Common Fields下介绍了数据的基本信息,例如表中的PAIRED表示双端测序数据。此次实战选择勾选 Found 27 Items下的RNA_mESCs和RNA_EpiSCs各两个数据,再选中Select下的Selected选项,下载Accession List后复制数据的SRR号 二、SRA数据下载 1.创建并进入test项目文件夹,将SRR号粘贴导入idname文件 ...
承接上节RNA-seq入门实战(二):上游数据的比对计数——Hisat2与Salmon之前已经得到了featureCounts与Salmon输出文件(counts、salmon)和基因ID转化文件(g2s_vm25_gencode.txt、t2s_vm25_gencode.txt)。 一般为了对样品进行分组注释我们还需要在GEO网站下载样品Metadata信息表SraRunTable.txt,接下来就需要在R中对输出...
第二部分为基因集成员位置图,用竖线标记了基因集中各成员出现在基因排序列表中的位置。若竖线集中分布在基因排序列表的前端或后端,说明该基因集通路上调或下调;若竖线较均匀分布在基因排序列表中,则说明该基因集通路在比较的两个数据中无明显变化。 红色部分对应的基因在实验组中高表达,蓝色部分对应的基因在对照组中高...
Common Fields下介绍了数据的基本信息,例如表中的PAIRED表示双端测序数据。此次实战选择勾选 Found 27 Items下的RNA_mESCs和RNA_EpiSCs各两个数据,再选中Select下的Selected选项,下载Accession List后复制数据的SRR号 二、SRA数据下载 1.创建并进入test项目文件夹,将SRR号粘贴导入idname文件 ...
二、3种差异分析结果比较 由于本次样品两组间差异十分显著,差异基因很多,因此筛选阈值调整为:FoldChang=10,padj=0.001。一般情况下选择FoldChang=1.5~4,padj<=0.05即可,根据样本情况而定。 下面查看三种差异分析结果的相关性和差异基因的重叠情况。 ### 比较一下三种DEG方法结果 ###load(list.files(pattern='DEG...