总的来说,RNA-BisSeq不需要在细胞中表达外源基因或化学试剂,能够准确捕获细胞和组织中原始的m5C修饰状态。RNA-BisSeq被广泛用于探索各种RNA中m5C的表达特征,并预测其潜在功能,包括哺乳动物、斑马鱼、拟南芥和水稻。RNA-BisSeq中m5C检测的准确性取决于亚硫酸盐处理过程中C到U的转化效率,这受到反应条件(如温度、反应时...
技术平台:RNA-BisSeq(RNA-BS)、RNA-seq等(易基因金牌技术) 本研究分析了胃癌的组织微阵列(tissue microarrays)和转录组数据,重点关注RNA剪切和m C调控因子。为了揭示NONO在胃癌(GC)中的作用,研究采用了RNA测序(RNA-seq)、m5C测序(RNA-Bis-Seq)、RNA免疫沉淀、RNA原位杂交以及NONO敲低细胞的Minigene报告基因分析。
总的来说,RNA-BisSeq不需要在细胞中表达外源基因或化学试剂,能够准确捕获细胞和组织中原始的m5C修饰状态。RNA-BisSeq被广泛用于探索各种RNA中m5C的表达特征,并预测其潜在功能,包括哺乳动物、斑马鱼、拟南芥和水稻。RNA-BisSeq中m5C检测的准确性取决于亚硫酸盐处理过程中C到U的转化效率,这受到反应条件(如温度、反应时...
RNA-BisSeq被广泛用于探索各种RNA中m5C的表达特征,并预测其潜在功能,包括哺乳动物、斑马鱼、拟南芥和水稻。RNA-BisSeq中m5C检测的准确性取决于亚硫酸盐处理过程中C到U的转化效率,这受到反应条件(如温度、反应时间)和RNA状态(如RNA质量、RNA二级结构等)的影响(表2)。m6A-SEAL-seq FTO辅助的m6A选择性化学标记测序(m...
总的来说,RNA-BisSeq不需要在细胞中表达外源基因或化学试剂,能够准确捕获细胞和组织中原始的m5C修饰状态。RNA-BisSeq被广泛用于探索各种RNA中m5C的表达特征,并预测其潜在功能,包括哺乳动物、斑马鱼、拟南芥和水稻。RNA-BisSeq中m5C检测的准确性取决于亚硫酸盐处理过程中C到U的转化效率,这受到反应条件(如温度、反应...
在此基础上,我们重磅推出m5C RNA甲基化测序科研服务产品——RNA-BisSeq: 检测原理与DNA的5mC修饰类似, RNA甲基化修饰m5C的检测方法也是通过对样品进行重亚硫酸盐处理,将mRNA中未发生甲基化的胞嘧啶(C)转换为尿嘧啶(U),进行反转录后形成cDNA;文库制备完成后,通过高通量测序分析,可得m5C 修饰的位点,从而满足您对...
研究人员首先通过RNA亚硫酸氢盐测序(RNA-BisSeq)系统绘制了斑马鱼HSPC在AGM、CHT及KM三个发育阶段的m5C修饰图谱。结果显示,CHT阶段HSPC的m5C整体修饰水平显著高于其他阶段,且高甲基化mRNA富集于细胞周期相关通路;而RNA稳定性分析表明,CHT阶段...
研究人员首先通过RNA亚硫酸氢盐测序(RNA-BisSeq)系统绘制了斑马鱼HSPC在AGM、CHT及KM三个发育阶段的m5C修饰图谱。结果显示,CHT阶段HSPC的m5C整体修饰水平显著高于其他阶段,且高甲基化mRNA富集于细胞周期相关通路;而RNA稳定性分析表明,CHT阶段...
NSUN2被报道是RNA甲基转移酶,能使tRNAs和mRNA发生m5C甲基化修饰。为了探究NSUN2对HEK293细胞mRNA m5C甲基化修饰的影响。作者利用CRISP/Cas9技术敲减NSUN2(NSUN2-/-HEK293细胞)后进行RNA-BisSeq。经过生信分析,发现在HEK293细胞有12442个m5C位点,在NSUN2-/-HEK293细胞中有3270个m5C位点,在注释mRNA中分别有1142...
(5)用bisRNA包生成甲基化报告，突出miRNA位点和显著甲基化位点。MAmBA分析包提供人类(hg38)和小鼠(mm10)基因组，以及为任何物种生成定制MAmBA参考的工具，还包括一个基因组组装(包含匹配的bowtie2指数)、tRNA和rRNA的fasta文件、转录组注释GTF文件(包括miRNA转录本)，和miRBase注释。在一个8核电脑上以最小内存为一...