云序生物具有成熟的Bis-seq实验平台以及丰富的RNA甲基化测序经验,可以满足客户对不同样本、不同类型RNA甲基化测序的各类需求。 图:云序生物m5C Bis-Seq 实验流程3、云序生物RIP 和 RNA Pull down当测序、筛选和验证工作结束后,想要发表高分文章,那么功能机制实验的进行往往还少不了两个好帮手:RIP和RNA pull down实...
RNA-BiS-Seq分析显示，在NSUN2基因敲除组中，不同染色体和基因区域的甲基化水平显著降低（图3F）。RNA...
作者利用 CRISP/Cas9 技术敲减 NSUN2(NSUN2/-HEK293 细胞)后进行 RNA-BisSeq 。经过生信分析,发现在 HEK293 细胞有 12442 个 m5C 位点,在 NSUN2-/-HEK293 细胞中 有 3270 个 m5C 位点,在注释 mRNA 中分别有 1142 个和 376 个 m5C 甲基化位点(A)。且 NSUN2 下调能够降低 m5C 甲基化程度 (B)...
RNA-BiS-Seq和RNA-Seq的综合分析表明,与对照组相比,NSUN2基因敲除CRC细胞中ENO1的m5C甲基化和mRNA水平显著降低(图3G)。研究人员分析了NSUN2介导的m5C修饰对ENO1的影响。RT-qPCR分析和Western Blot分析结果表明,NSUN2敲低和基因敲除显著降低了CRC细胞中ENO1 mRNA(图3H)和蛋白水平(图3I),而NSUN2过表达则结果...
180+ Java applicationsfor analyzing next generation sequencing data from ChIPSeq, RNASeq, BisSeq, DNASeq, variant annotation/ filtering, alignment/VCF QC, capture array design, IGV/ DAS2/IGB/UCSC file manipulation, etc. Both GUI and cmd line interfaces. ...
TANRIC整合了来自TCGA, CCLE等大型肿瘤研究项目的数据,对多种肿瘤的lncRNA表达量进行分析,差异分析,并对lncRNA与临床信息...分析,在分析前,过滤掉了其中与蛋白编码基因的exon有重叠的lncRNA下载TCGA,CCLE等项目的RNA_seq数据,对肿瘤中的lncRNA进行定量,采用的是RPKM的定量方式,筛选表达量在所 ...
seqidno:1-36是示例性成熟mirna的核苷酸序列。seqidno:37-53是修饰的mir-30a引导链核苷酸序列。seqidno:54-61是修饰的mir-30a过客链核苷酸序列。seqidno:62和63分别是修饰的mir-375引导链和过客链。seqidno:64和65分别是修饰的mir-26a-5p引导链和过客链。seqidno:66和67分别是修饰的mir-145-5p引导链和...
PlncRNADB是一个专注于分析植物中lncRNA的数据库,网址如下 http://bis.zju.edu.cn/PlncRNADB/index.php 整个数据库构...CANTATAdb:植物lncRNA数据库 欢迎关注”生信修炼手册”! CANTATAdb数据库收录了植物中的lncRNA信息,主要通过l软件预测的方式识别植物中的lncRNA, 目前包含来自39个物种共239631个lncRNA,是...
illuminaHiseq平台的单端模式对样本进行高通量 。原始数据需经过引物与adaptor序列去除,并经过对测序片段碱基的质量检验和长度筛选,最终选择质量可靠的 片段。然后统计小RNA(sRNA)的种类(用unique表示)及数量(用total表示),并对小RNA做长度分布统计,一般来说,小RNA...