什么是mRNA测序(RNA-seq)?相关知识点: 试题来源: 解析 转录组学(transcriptomics)是在基因组学后新兴的一门学科,即研究特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA(包括mRNA和非编码RNA.的类型与拷贝数。Illumina提供的mRNA测序技术可在整个mRNA领域进行各种相关研究和新的发现。mRNA测序不对引物或探针进行设
RNA-Seq是一种高通量测序技术,用于对生物体内的全部转录产物进行测序,包括mRNA和非编码RNA。该技术广泛应用于基因表达定量、新转录本发现、基因结构变异分析以及基因表达调控网络识别等领域,是研究基因功能和调控机制的重要工具。 RNA-Seq的基本原理 RNA-Seq技术通过将RNA分子逆转录为cD...
RNA-seq(RNA sequencing)即转录组测序技术,是一种基于高通量测序技术的研究方法。它通过对生物样品中所有的RNA分子进行测序,从而获得基因表达的全面信息。以下是对RNA-seq的详细解释: 一、定义与原理 定义:RNA-seq是通过高通量测序技术对RNA分子进行测序,以反映特定类型细胞中全体转录本的表达水平的技术。 原理:利用...
RNA-seq是一种集合实验方法和计算机手段的一种技术,它可以确定生物样本中RNA序列的特征性和丰度,也就是说,存在于每条单链RNA分子中的腺嘌呤、胞嘧啶、鸟嘌呤和尿嘧啶核糖核酸残基的组成顺序,可以通过RNA测序被识别出来。RNA-seq中的实验方法涉及从细胞、组织...
我们的旅程从获取测序数据开始。假设你已经从高通量测序平台获得了玉米的RNA-Seq数据。 通常,这些数据以FASTQ格式呈现,包含大量的短序列读取。 数据清洗:去除噪音 首先,我们需要用Trimmomatic等工具清洗数据。 为什么呢?因为原始数据中可能夹杂着适配器序列和低质量读取。以下是一个示例代码: ...
RNA-Seq开始于RNA的抽取和纯化。接着，通常会使用一种叫作逆转录的过程将RNA转化为cDNA。为了能够进行测序，cDNA会被切割成更小的片段。这些片段随后通过一台测序机器进行测序，通常产生数百万到数十亿的短序列读取，称为“reads”。随后，这些reads会被比对到一个参考基因组或者组装成转录本。RNA-Seq的...
1. RNA-seq技术，即转录组测序，通过高通量测序分析来反映mRNA、smallRNA、noncodingRNA等的表达水平。2. 作为二代测序领域最普遍的技术手段，转录组测序技术（RNA-seq）得到了广泛应用。随之而来的多种方法各具特色，竞相展示其独特之处。3. 传统方法通常需要富集mRNA，片段化mRNA，进行反转录并加接头...
在RNA-Seq建库的时候,第一步都是进行RNA到cDNA的反转录,在反转录以后,普通的RNA-Seq就直接使用random primer进行第2条链合成,随后加adapter。这样构建出来的RNA-Seq库进行测序以后是分不清这个序列是来自于genome的那条链的,因为被测序的有可能是gene的foward strand 也有可能是reverse strand。 而链特异性的RNA-...
RNA-seq是目前生信一个重要的技术组成和科研内容。一般来说,我们在RNA-seq进行差异分析时最好使用Count值,因为limma-voom、edgeR和DESeq2都是针对RNA-seq的Count值分布进行假设,从而设计的软件。但是,在实际过程中,我们并不是总能获得其Count值,而经常得到的是FPKM或者TPM值,那对于这种情况,我们能不能使用类似于分...