RNA-Seq数据,在这里指的是基于NGS测序技术,在转录组水平对样本中基因表达进行定量,得到的counts数据,比如HTseq,hisat2,RSEM等上游定量分析软件得到的counts矩阵。 得到样本基因表达数据后,我们通常会对不同样本分组,然后进行差异表达分析,将基因表达变化与表型联系起来,解释与表型...
RNA-Seq是一种全面分析RNA表达的深度测序技术,可以定量地检测和鉴定各种类型的RNA分子.通过对cDNA片段的高通量测序,RNA-Seq可以揭示基因表达水平、发现新的转录本和剪接变体,及其在不同条件下的变化.
RNA-seq是一种集合实验方法和计算机手段的一种技术,它可以确定生物样本中RNA序列的特征性和丰度,也就是说,存在于每条单链RNA分子中的腺嘌呤、胞嘧啶、鸟嘌呤和尿嘧啶核糖核酸残基的组成顺序,可以通过RNA测序被识别出来。RNA-seq中的实验方法涉及从细胞、组织或整个动物样本中分离RNA、不同RNA文库的构建、对文库进行...
Sentieon RNAseq与开源比对结果 RNA定量 基因定量方面,我们使用SIRV样本作为测试样本。SIRV基因是Lexogen公司人工合成的7个基因,每个基因有多条转录本,共69个转录本,可用以检测可变剪切事件,并作定量内参使用。在这些转录本数据中我们选取了不同起始摩尔量的20个样本,分别使用原版STAR以及Sentieon STAR比对之后,...
RNA-seq数据分析 判断测序的质量 分析的第一步,一般是先把测到的RNA片段,先mapping(比对)到基因组上。在比对完后,可以先看一下,有多少RNA片段是在靠近基因的5'端位置,又有多少片段在是靠近基因的3'端位置。 上图就是把所有的基因,都按其外显子的长度拉直,然后归一化到“0 - 100”的长度。看比对上的片段...
早期的RNA-seq实验从细胞群(如来源于某个组织或器官的细胞)中得到DGE数据,并可以应用于很多物种,如玉米(Zea mays),拟南芥(Arabiodopsis thaliana),酿酒酵母(Saccharomyces cerevisae),鼠(Mus musculus)和人(Homo sapiens)。虽然RNA-seq这个词通常包含很多不同的RNA相关的方法或生物应用,但DGE分析始终是它的主要应用...
RNA-Seq即对转录组进行测序和分析。一般来说在研究所会委托公司测序得到数据自己进行后续的生信分析(质控,mapping,差异基因表达分析,SNV分析等)。RNA-Seq有着巨大的应用前景。 研究意义作者:hoptop 在不同背景下比较mRNA水平 同一物种,不同组织:研究基因在不同部分的表达情况 ...
cd RNA-Seq_Practice mkdir 00_trainingRawdata 01_trimmomaticFiltering 02_hisat2Mapping 03_featurecountsQuatification 04_DESeq2DEGanalysis #批量创建工作文件夹 2. 测序数据质量评估 利用fastQC软件对获得的fastq序列文件进行质量分析,生成html格式的结果报告,其中含有各项指标,以下用PR1样本为例。