不同RIN(RNA intergrity number)示意图:(从1～10为bad to good) 由于不完整或降解的total RNA会在测序时产生3‘偏好性,因此建议RIN值≥7。 2)mRNA分离与片段化 分离:因为真核生物成熟mRNA有ploy(A)尾,而其他RNA没有,所以可以用oligo dT磁珠与mRNA的poly(A)尾特异性结合从而去除其他RNA。 片段化:用试剂(fr...
在全长转录组基础之上,ONT-三代测序平台的直接RNA测序(Direct RNA-seq),相对于传统的反转录cDNA - PCR扩增(二代和三代RNA-seq测序都有相应的建库方案)流程,其能够保留并检测天然RNA碱基修饰信息,还原真实RNA特征,也省去了传统 RNA m6A甲基化修饰繁琐的实验检测步骤, 如 MeRIP-seq/m6A-seq和m6A-SEAL-seq等 。
转录组测序(RNA-seq)是一种高通量筛选RNA的技术。它可以通过测定RNA的数量、谱系和结构信息来解析生物体内基因转录活动的全貌。通过研究RNA-seq数据,可以发现新的基因、新的外显子区域以及RNA的可变剪切等信息,对于深入研究生物体的基因调控网络和生物过程具有重要作用。 派森诺法(Parsimony)是RNA-seq数据分析中常用的...
转录组测序（RNA-seq）的建库过程与原理主要包括实验设计和实际操作步骤。首先，根据研究目标选择合适的策略，如真核生物通常使用oligo dT磁珠富集mRNA，而研究lncRNA或原核生物转录组则需去除rRNA。考虑链特异性，有 stranded 和 un-stranded 两种选择。建库步骤详细如下：总RNA提取：检查纯度、浓度和完整性...
百度云链接:https://pan.baidu.com/s/1jJ7GWiq 密码:vwyi (约45M) (PPT以PDF那本书为脉络,这本书还是看panda姐的推荐才知道的,查了查该出版社出的书写得都很好,再次推荐~) 以下是这次讲解的ppt内容节选(全部共44页): 测序原理可以在优酷上搜“illumina二代测序原理”“陈巍学基因” ...
近日,上海交通大学余祥团队在Nature Communications发表最新研究,作者基于纳米孔 RNA 直接测序(DRS),开发出可迁移深度学习模型 TandemMod,能够在单个 DRS 数据中检测多种类型的 RNA 修饰。为动植物和微生物体内多种类型的 RNA 修饰位点鉴定及表观转录组研究提供技术支持[1]。
短读长(short-read)二代测序是转录组范围基因检测和表达定量最常见方式,其主要原因是它可以获得全面的,高质量的全转录组表达数据。基于Illumina测序平台的转录组表达测序实验(RNA-seq)和分析包含以下核心步骤(以真核mRNA为例):RNA的提取,mRNA的富集、cDNA的合成,接头连接,PCR扩增,上机测序和后期的数据分析(图3)。
superqun原创 一、流程概括 RNA-seq的原始数据(raw data)的质量评估 linux环境和R语言... superqun阅读 16,826评论 11赞 67 mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵:上中游分析pipeline mRNA-seq上中游分析需要用到Linux系统的terminal! 尽管TCGA数据库中已经提供了大量的处理好的... ZZZZZZ_XX阅读 7,...