1)总RNA提取 提取后的总RNA要进行纯度(purity)、浓度(quantity)、完整性(RIN)的质量检查。 不同样品的total RNA中mRNA含量差异较大,若total RNA起始投入量过低,不能保证有足够的mRNA用于后续建库,因此建议RNA起始量为1～4μg。 不同RIN(RNA intergrity number)示意图:(从1～10为bad to good) 由于不完整或降...
ASTQ格式文件中每个Read由四行描述,其中第一行以“@”开头,随后为Illumina测序识别符(Sequence Identifiers)和描述文字(可选部分);第二行是碱基序列;第三行以“+”开头,随后为Illumina测序识别符(可选部分);第四行是对应序列的测序质量。 Illumina测序识别符(Sequence Identifiers)详细信息如下: Illumina测序标识详细信...
转录组测序（RNA-seq）的建库过程与原理主要包括实验设计和实际操作步骤。首先，根据研究目标选择合适的策略，如真核生物通常使用oligo dT磁珠富集mRNA，而研究lncRNA或原核生物转录组则需去除rRNA。考虑链特异性，有 stranded 和 un-stranded 两种选择。建库步骤详细如下：总RNA提取：检查纯度、浓度和完整性...
superqun原创 一、流程概括 RNA-seq的原始数据(raw data)的质量评估 linux环境和R语言... superqun阅读 16,826评论 11赞 67 mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵:上中游分析pipeline mRNA-seq上中游分析需要用到Linux系统的terminal! 尽管TCGA数据库中已经提供了大量的处理好的... ZZZZZZ_XX阅读 7,...
转录组RNA-seq建库测序流程包括多个步骤，确保得到高质量数据至关重要。首先，通过分子生物学设备对RNA样品进行严格检测，确保纯度、浓度和完整性达标。接着，构建文库的步骤包括富集真核生物mRNA，断裂成片段，通过随机引物合成cDNA，纯化后进行末端修复、加A尾连接测序接头，再通过PCR得到文库。构建完成后，...
RNA测序(RNA-seq)在基因表达差异分析方面的应用来说颇为成熟,主要包括目标RNA富集及片段化、一链和二链cDNA合成、PCR扩增等几个主要流程。其中二链cDNA的合成是获得高质量文库的关键,但二链cDNA的合成需要引入额外的DNA聚合酶,可能导致测序的偏好性增加。因此,对于广大科研工作者来说,探索快速高效的建库新技术是极为...
图3. Illumina平台RNA-seq建库和分析流程,图片来自于Sudhagar, A.et.al 2. 长度长(long-read)cDNA 测序 尽管以Illumina为代表的短读长(short-read)二代测序是目前主流的RNA-seq平台,但PacBio和ONT三代测序平台能对反转录为cDNA后的全长mRNA进行单分子实时测序。因为没有短序列的拼接组装步骤,进而克服了短读长...
此外我们还推出了转座酶法RNA建库试剂盒:CWseq TP- rapid RNA Library Prep Kit for Illumina,本试剂盒只需合成cDNA一链,无需进行二链合成后再进行DNA打断建库,投入20ng-200ng的RNA即可在2-3h内快速的完成文库构建,极大的缩短了建库时间!同时在扩增模块采用高保真DNA聚合酶进行文库富集,无偏好的进行PCR扩增,保证...
ReadCoor使用的核心技术FISSEQ是一种荧光原位测序技术。RNA本身很小,直接对组织中的RNA进行测序难度很高。因此FISSEQ在样品制备的过程中会先将RNA反转录成cDNA,并接成环状,然后使用特定的DNA聚合酶(如Φ29)进行滚环扩增(RCA),形成体积较大的扩增子。所有形成的扩增子会被相互交联,以保证其空间位置不会在测序过程中...
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