转录组测序（RNA-Seq，RNA sequencing）是通过高通量测序技术对生物体内全部转录产物（包括mRNA、非编码RNA等）进行测序的技术。转录组测序能够定量检测基因表达、发现新的转录本、分析基因结构变异和识别基因表达调控网络，是揭示基因功能和调控机制的重要手段。一、转录组测序的概念与原理 转录组是指一个细胞、组织或生...
而RNA-seq技术则是近年来兴起的一种高通量测序技术,逐渐替代了传统的microarray技术,成为了研究转录组学的主流方法之一。 二、RNA-seq的原理 1. 测序库构建 在进行RNA-seq实验之前,首先需要构建测序库。通常采用聚合酶链式反应(PCR)或者DNA和RNA的逆转录(Reverse Transcription)来将RNA转录成双链DNA,并添加barcode...
提取后的总RNA要进行纯度(purity)、浓度(quantity)、完整性(RIN)的质量检查。 不同样品的total RNA中mRNA含量差异较大,若total RNA起始投入量过低,不能保证有足够的mRNA用于后续建库,因此建议RNA起始量为1～4μg。 不同RIN(RNA intergrity number)示意图:(从1～10为bad to good) 由于不完整或降解的total RNA...
1.测序原理: 三代全长转录组测序:三代测序技术主要包括PacBio SMRT(Single Molecule Real-Time)和Oxford Nanopore等。这些技术通过直接测序RNA分子的全长,不需要进行RNA的反转录和扩增,可以直接获取RNA的全长序列信息。 RNA-seq:RNA-seq是一种第二代测序技术,主要包括Illumina HiSeq和NextSeq等。RNA-seq通过将RNA...
具体步骤可以去这个网址戳说明书(https://www.illumina.com.cn/products/by-type/sequencing-kits/library-prep-kits/truseq-rna-v2.html),常规的测序文库长这样(不同建库试剂的文库结构存在差异): 文库构建完成后,就可以把不同样品的文库混合,并上机测序。Illumia测序原理如下图所示,简单概括就是将文库结合到...
通过研究RNA-seq数据,可以发现新的基因、新的外显子区域以及RNA的可变剪切等信息,对于深入研究生物体的基因调控网络和生物过程具有重要作用。 派森诺法(Parsimony)是RNA-seq数据分析中常用的一种数据拼接技术。其原理是将拼接体的路径数目减少到最小值,最终得到一个能解释原始测序数据并且包含异常连接的最小拼接图。该...
RNA测序技术的基本原理如下: 1. RNA抽取和样品制备。将RNA提取出来,通过酶切或PCR扩增等步骤将其转换成合适长度的文库。 2.文库的测序。将文库进行高通量测序,可以得到不同长度的RNA序列。 3.数据分析。将得到的RNA测序数据与参考基因组序列进行比对,然后统计每种RNA的数量。 二、1.信号识别。RNA-seq技术能够...
转录组测序（RNA-seq）的建库过程与原理主要包括实验设计和实际操作步骤。首先，根据研究目标选择合适的策略，如真核生物通常使用oligo dT磁珠富集mRNA，而研究lncRNA或原核生物转录组则需去除rRNA。考虑链特异性，有 stranded 和 un-stranded 两种选择。建库步骤详细如下：总RNA提取：检查纯度、浓度和完整性...