6)交互倾向:是一个蛋白质(或区域)和一个RNA(或区域)之间相互作用概率的度量,是基于观察到的核糖核蛋白复合物的组成部分表现出其物理化学特征的趋势。 7)蛋白结构域:是通过分析带有DNA和RNA相关术语注释的Pfam匹配的蛋白质序列来进行鉴定的,并利用IUPred算法对蛋白质序列进行分析,识别无序区域。 8)RNA基序:RNA结...
为了弥补这一差距,开发者利用之前我们提到的catRAPID数据库来开发了RNAct数据库。RNAct数据库可以方便地查找已知的和预测的相互作用,并且可以对人类、小鼠和酵母的蛋白质RNA相互作用组进行全局查看。 RNAct数据库(http://rnact.crg.eu)的开发者来自西班牙巴塞罗那科学技术学院,数据库相关文章(PMID: 30445601)于2019年1月...
6)交互倾向:是一个蛋白质(或区域)和一个RNA(或区域)之间相互作用概率的度量,是基于观察到的核糖核蛋白复合物的组成部分表现出其物理化学特征的趋势。 7)蛋白结构域:是通过分析带有DNA和RNA相关术语注释的Pfam匹配的蛋白质序列来进行鉴定的,并利用IUPred算法对...
1.catRAPID omics 可用于预测与目的RNA结合的蛋白,或者与目的蛋白结合的RNA,点击该条目进入 以lncRNA为例,输入fasta序列(可从NCBI下载) 根据选项,输入要研究的种属,其余根据自身需要自行选择 输入邮箱,点击下方提交,进行分析。分析完成后(约10min),邮件自动提供结果链接,点击进入即可查询,结果如下: 根据结果,可以看到...
根据结果，可以看到与该lncRNA结合的蛋⽩，依据Ranking进⾏排序。我们就可以选择感兴趣的进⾏后续分析啦 2. catRAPID express 可以预测已知RNA与蛋⽩的具体结合位点。具体⽤法同上，输⼊蛋⽩及RNA的fasta序列，提交即可。结果如下：以热图形式显⽰RNA与蛋⽩结合的具体位置。红⾊区域代表结合⼒较...
RNA-蛋白结合预测数据库 “老板给了我一个RNA,让我找直接作用机制,我该这么办?” “先用catRAPID数据库看一下与它结合的蛋白吧!” “这个数据库怎么用啊?” “看这里呀!” catRAPID数据库(http://service./page/catrapid_group)的开发者来自西班牙的 Universitat Pompeu Fabra,数据库相关文章(PMID: 21623348)于...
RNAct数据库你的不二选择 蛋白质与RNA的相互作用与许多生理作用和疾病有关。目前,约1400种人类蛋白质具有RNA结合活性的实验证据。但是,在这些蛋白质中只有约250种有来自不同测序方法(如eCLIP)的靶RNA的实验数据。上周五我们介绍了catRAPID数据库,但是在分析的时候发现支持的物种仅限于人类。为了弥补这一差距,开发者利...
其中最重要的就是catRAPID omics模块了,该模块可以计算模型生物的分子(蛋白质/转录物)和参考集(转录物/核苷酸结合蛋白质)之间的相互作用。 换句话说,就是这个模块可以用已知RNA来预测相互作用的蛋白,也可以用已知的蛋白来预测相互作用的RNA。 catRAPID omics模块...
RNAct数据库你的不二选择 蛋白质与RNA的相互作用与许多生理作用和疾病有关。目前,约1400种人类蛋白质具有RNA结合活性的实验证据。但是,在这些蛋白质中只有约250种有来自不同测序方法(如eCLIP)的靶RNA的实验数据。上周五我们介绍了catRAPID数据库,但是在分析的时候发现支持的物种仅限于人类。为了弥补这一差距,开发者利...
蛋白部分包括蛋白名和UniProt号两部分。 RNA部分包括RNA名、Ensemble号、RNA长度和转录状态四部分。 预测部分包括预测分值和预测Z值两部分。这部分的由来与我们之前介绍的catRAPID数据库一致。 交互部分包括P值和FC。这部分主要是根据eCLIP数据来进行统计分析的。