首先选择载入的STRINGdb数据(数据库版本、物种、蛋白互作得分)和之前基因差异分析得到的DEG。STRINGdb$new设置使用最新的11.5版本数据库,物种选择为小鼠(人9606,小鼠10090 ),蛋白互作得分阈值选择700(默认400, 低150,高700,极高900,越高可信度越强)。 DEG结果中选取前100显著差异基因用于后续分析,并将其基因名保存...
首先选择载入的STRINGdb数据(数据库版本、物种、蛋白互作得分)和之前基因差异分析得到的DEG。 STRINGdb$new设置使用最新的11.5版本数据库,物种选择为小鼠(人9606,小鼠10090 ),蛋白互作得分阈值选择700(默认400, 低150,高700,极高900,越高可信度越强)。 DEG结果中选取前100显著差异基因用于后续分析,并将其基因名保存...
首先选择载入的STRINGdb数据(数据库版本、物种、蛋白互作得分)和之前基因差异分析得到的DEG。 STRINGdb$new设置使用最新的11.5版本数据库,物种选择为小鼠(人9606,小鼠10090 ),蛋白互作得分阈值选择700(默认400, 低150,高700,极高900,越高可信度越强)。 DEG结果中选取前100显著差异基因用于后续分析,并将其基因名保存...
1.STRING数据库基本介绍 2.STRING R语言版——STRINGdb的使用: ①STRINGdb数据库导入 ②获取STRING_id ③PPI绘制 ④clustering分簇 ⑤富集分析 ⑥获取蛋白互作信息 3.STRING 网页版的简单使用: 文件上传、各选项设置、数据导出 在得到我们感兴趣的基因集后,除了对其进行GO等富集分析查看与什么重要的生物学通路相关...
①STRINGdb数据库导入 ②获取STRING_id ③PPI绘制 ④clustering分簇 ⑤富集分析 ⑥获取蛋白互作信息3.STRING 网页版的简单使用: 文件上传、各选项设置、数据导出 在得到我们感兴趣的基因集后,除了对其进行GO等富集分析查看与什么重要的生物学通路相关,还可以进行PPI蛋白互作网络(PPI, Protein-Protein Interaction Network...
① STRINGdb数据库导入 首先选择载入的STRINGdb数据(数据库版本、物种、蛋白互作得分)和之前基因差异分析得到的DEG。 STRINGdb$new设置使用最新的11.5版本数据库,物种选择为小鼠(人9606,小鼠10090 ),蛋白互作得分阈值选择700(默认400, 低150,高700,极高900,越高可信度越强)。