Step 1.选择 RNA类型 线性RNA、circRNA是由不同的模型预测的。如果不确定输入序列属于哪种RNA类型,则可以首先使用WebCircRNA(https://rth.dk/resources/webcircrna/submit)评估circRNA的潜力,然后选择RNA类型。 Step 2.选择预测模型 RBPsuite提供两种类型的预测模型:常规模型(所有...
RNARNA结合蛋白RNA-蛋白质结合位点深度学习RNA及RNA结合蛋白之间的相互作用在基因调控中扮演着重要角色.许多预测RNA-蛋白质结合位点的深度学习方法陆续提出.目前多数研究没有将RNA结合蛋白作为模型输入,限制了深度学习模型的规模.对此问题,提出一个带有RNA结合蛋白输入的深度学习模型,通过扩大训练集的规模挖掘RNA-蛋白质结合...
基于深度学习的RNA-蛋白质结合位点预测的网站--RBPsuite发布于 2022-02-13 15:15 · 1.1 万次播放 赞同4添加评论 分享收藏喜欢 举报 深度学习(Deep Learning)核糖核酸(RNA) 写下你的评论... 暂无评论相关推荐 11:23 世界上最大的10种蜥蜴,你知道科莫多巨蜥有多可怕吗? 黑土日记 ...
基于网络的蛋白质RNA结合位点预测数据库的开题报告一、研究背景RNA(核酸)是生物体内不可缺少的一种生物大分子,它不仅在蛋白质的合成中扮演重要的角色,而且在细胞核外也具有重要的功能。随着研究的深入,越来越多的证据表明,RNA具有结合蛋白质并调控基因表达的功能。因此,研究RNA与蛋白质的相互作用,探索它们的结合机制和...
蛋白质序列rna预测结合risp信息学 摘要论文题目:蛋自质序列中RNA结合位点的预测作者姓名:***姓名:**宏**授)学校名称:东南大学随着后基因组时代的到来,使用机器学习方法对生物数据进行数据挖掘已经成为生物学研究的一种新方法。本课题主要利用支持向量机方法,结合蛋白质序列的特征提取,实现在氨基酸残基的水平上对蛋白...
分类号密级UDC保密期限博士学位论文题目蛋白质分子中RNA结合位点的分析和预测作者姓名**指导教师李伍举研究员应晓敏副研究员培养单位军事医学科学院基础医学研究所专业名称生物化学与分子生物学论文提交日期2012年5月21日学位授予单位中国人民解放军军事医学科学院答辩委员会主席徐宁志中国人民解放军军事医学科学院制军事医学科...
蛋白质分子中RNA结合位点的分析和预测-生物化学与分子生物学专业论文 目录中文摘要1 Abstract 5 第一章 前言9 1.1 实验方法9 1.1.1 X 射线晶体衍射 9 1.1.2 核磁共振10 1.1.3 其它结构测定方法10 1.2 生物信息学方法10 1.2.1 研究蛋白质中的 RNA 结合域 11 1.2.2 通过各种特征,采用统计分析或者机器学习...
我们基于PDB结构数据,采用距离定义法来确定与RNA相互作用的氨基酸位点.即对于蛋白质与RNA复合物中的某个氨基酸,如果其包含的至少一个原子与某个RNA碱基所包含的任何一个原子之间的距离小于3.5,那么就认为该氨基酸与RNA相互作用.这样,在90735个氨基酸中,有10525个被判定为RNA结合位点,其余的80210个被判定为非结合位点...
摘要摘要论文题目: 基于网络的蛋白质R NA 结合位点预测数据库作者姓名: 张一鸣导师姓名: 陆祖宏( 教授)学校名称: 东南大学蛋白质与R NA 的相互作用在很多的生物学过程中起到了非常重要的作用。 例如, RN ^和蛋白质的相互作用不仅在蛋白质的合成, m 1日N A 的加工, 病毒的复制中起到重要作用, 近期还发现...
研究一种基于原始氨基酸序列就能够识别RNA蛋白质结合位点的计算方法,将为人们快速寻找和分析新的RNA在蛋白质上的结合位点提供有力的手段.目前,直接依靠氨基酸序列来预测蛋白质RNA或DNA结合位点是一个很大的挑战.机器学习技术,通过利用实验中已经明确的RNA蛋白质复合物数据,将为这种蛋白质RNA或DNA结合位点识别,预测和分类...