设备设置下载并安装rMATS-turbo可以通过conda使用以下命令安装rMATS-turbo和所有必需的依赖项:conda install -c conda-forge -c bioconda rmats▲ 重要:为了避免软件包冲突,应在专用的conda环境中执行此操作。或者,在安装了所需的依赖项之后,可以通过GitHub存储库下载并安装rMATS-turbo:git clonehttps://github.com/...
rMATS turbo是rMATS的C/Cython版本。主要的差别在于速度和存储资源上,rMATS turbo相较于rMATS速度要快100倍,存储使用要小1000倍,因此我们安装rMATS turbo。 安装依赖:Python (either 2.7 or 3.6),BLAS,LAPACK,GNU Scientific Library,GCC,gfortran,CMake等。保证以上依赖均存在的情况下就可以进行安装了。其实安装好con...
rMATS turbo是rMATS的C/Cython版本。主要的差别在于速度和存储资源上,相比较rMATS turbo要快100倍,输出文件要小1000倍。具体可以参考文档:https://github.com/Xinglab/rmats-turbo/blob/v4.1.0/README.md,因此我们安装rMATS turbo。 安装依赖:Python (either 2.7 or 3.6),BLAS,LAPACK,GNU Scientific Library,GCC,...
Initial commit rMATS turbo v4.1.0 5年前 docs Update rmats_diagram with alt 3 and 5 5年前 rMATS_C Initial commit rMATS turbo v4.1.0 5年前 rMATS_P Generate a summary.txt similar to rMATS v3.2.5 (#10) 4年前 rMATS_R Allow any number of threads for pairadise 5年...
rMATS turbo v4.1.2(GitHub) 0.1 简单介绍 rMATS是一款对RNA-Seq数据进行差异可变剪切分析的软件。其通过rMATS统计模型对不同样本(有生物学重复的)进行可变剪切事件的表达定量,然后以likelihood-ratio test计算P value来表示两组样品在IncLevel(Inclusion Level)水平上的差异(从公式上来看,IncLevel跟PSI的定义也是类似...
rMATS turbo is the C/Cython version of rMATS (refer tohttp://rnaseq-mats.sourceforge.net). The major difference between rMATS turbo and rMATS is speed and space usage. rMATS turbo is 100 times faster and the output file is 1000 times smaller than rMATS. These advantages make analysis and...
新版rMATS下载解压后,你会发现有两个rmats.py执行脚本,这是由于rMATS v4.0.1 (turbo) was built with two different settings of Python interpreter,所以我们需要先测试下自己的系统支持那种,进入python,输入下述命令 代码语言:javascript 复制 >>>importsys>>>print sys.maxunicode ...
GitHub Copilot Enterprise-grade AI features Premium Support Enterprise-grade 24/7 support genostack/rmats-turboPublic forked fromXinglab/rmats-turbo NotificationsYou must be signed in to change notification settings Fork0 Star0 Files master bamtools ...
新版rMATS下载解压后,你会发现有两个rmats.py执行脚本,这是由于rMATS v4.0.1 (turbo) was built with two different settings of Python interpreter,所以我们需要先测试下自己的系统支持那种,进入python,输入下述命令 >>> import sys >>> print sys.maxunicode ...
接着让我们看看rMATS v4.0.2 (turbo)的用法 它只有一个步骤,直接根据分组对bam文件进行可变剪切的差异分析,通过统计模型对不同样本(有生物学重复的)进行可变剪切事件的表达定量,然后以likelihood-ratio test计算P value来表示两组样品在IncLevel(Inclusion Level)水平上的差异(从公式上来看,IncLevel跟PSI的定义也是类...