In rMATS-turbo, each alternative splicing pattern has a corresponding set of output files. In the filename templates below,[AS_Event]is replaced by one of the five basic alternative splicing patterns: skipped exon (SE), alternative 5' splice sites (A5SS), alternative 3' splice sites (A3SS...
Initial commit rMATS turbo v4.1.0 5年前 rmats.py Use nthread for tstat if tstat is not specified (#32) 4年前 run_rmats Initial commit rMATS turbo v4.1.0 5年前 setup_environment.sh Initial commit rMATS turbo v4.1.0 5年前 test_rmats Initial commit rMATS turbo v4.1...
GitHub Copilot Enterprise-grade AI features Premium Support Enterprise-grade 24/7 support genostack/rmats-turboPublic forked fromXinglab/rmats-turbo NotificationsYou must be signed in to change notification settings Fork0 Star0 Files master bamtools ...
设备设置下载并安装rMATS-turbo可以通过conda使用以下命令安装rMATS-turbo和所有必需的依赖项:conda install -c conda-forge -c bioconda rmats▲ 重要:为了避免软件包冲突,应在专用的conda环境中执行此操作。或者,在安装了所需的依赖项之后,可以通过GitHub存储库下载并安装rMATS-turbo:git clonehttps://github.com/...
rMATS turbo v4.1.2(GitHub) 0.1 简单介绍 rMATS是一款对RNA-Seq数据进行差异可变剪切分析的软件。其通过rMATS统计模型对不同样本(有生物学重复的)进行可变剪切事件的表达定量,然后以likelihood-ratio test计算P value来表示两组样品在IncLevel(Inclusion Level)水平上的差异(从公式上来看,IncLevel跟PSI的定义也是类似...
rMATS turbo 转录组个性化分析之可变剪切分析工具:rMATS turbo 可变剪接(Alternative splicing):一个基因的外显子以不同的组合方式剪接形成不同的成熟RNA,从而被翻译成不同的蛋白质构体,因此,一个基因可能编码多种蛋白质。这个过程极大的增加了mRNA和蛋白质的多样性。可变剪切是一种后转录生物学过程,对细胞活动和疾病...
rMATS turbo是rMATS的C/Cython版本。主要的差别在于速度和存储资源上,相比较rMATS turbo要快100倍,输出文件要小1000倍。具体可以参考文档:https://github.com/Xinglab/rmats-turbo/blob/v4.1.0/README.md,因此我们安装rMATS turbo。 安装依赖:Python (either 2.7 or 3.6),BLAS,LAPACK,GNU Scientific Library,GCC...
我是在CentOS7服务器上安装的,从github里下载rMATS turbo v4.1.0源码,进入软件目录通过命令build: ./build_rmats --conda 激活rMATS创建的环境使用, 我使用从ENCODE上下的BAM文件(单端测序数据比对的BAM文件),按照软件文档给例子进行参数输入运行后,没结果。
for i in {1..9}; do cut -f $i summary.txt |xargs|sed 's/ /\t/g' ;done 其他文件的表头信息也差不多。 参考资料: rMATS差异可变剪切分析 | Public Library of Bioinformatics (plob.org) rmats-turbo/README.md at v4.1.2 · Xinglab/rmats-turbo · GitHub...
下载软件包 Wget https://github.com/Xinglab/rmats-turbo/releases/download/v4.1.0/rmats_turbo_v4_1_0.tar.gz 解压软件包 tar -xf rmats_turbo_v4_1_0.tar.g 修改rmats-turbo-4.1.0/rMATS_C/Makefile如下: 执行编译安装 ./build_rmats