4. 找到官网安装说明 https://github.com/Xinglab/rmats-turbo 安装说明 安装所需要的的环境 每个人的机器环境不一样,这个所需要的的环境需要自己配置,我就是没有管这个环境直接解压后安装的,遇到error或failed再去看报错一一解决。 5. 安装 进入到解压后的安装包 进入解压后的目录 ./build_rmats 根据报错信息...
设备设置下载并安装rMATS-turbo可以通过conda使用以下命令安装rMATS-turbo和所有必需的依赖项:conda install -c conda-forge -c bioconda rmats▲ 重要:为了避免软件包冲突,应在专用的conda环境中执行此操作。或者,在安装了所需的依赖项之后,可以通过GitHub存储库下载并安装rMATS-turbo:git clonehttps://github.com/...
新版rMATS下载解压后,你会发现有两个rmats.py执行脚本,这是由于rMATS v4.0.1 (turbo) was built with two different settings of Pythoninterpreter,所以我们需要先测试下自己的系统支持那种,进入python,输入下述命令: >>> import sys >>> print sys.maxunicode # 如果出现1114111则说明需要使用rMATS-turbo-Linux-U...
安装软件之前首先确认已安装Python2.7.x及所需模块（NumPy, BLAS, LAPACK, GSL and gfortran），在Python控制台输入以下命令检查编码类型：>>> import sys >>> print sys.maxunicode 根据编码类型的不同，选择使用不同版本的rMATS：输出结果为1114111时，选择rMATS-turbo-xxx-UCS4；输出结果为63353时，选择rMATS-...
rMATS turbo是rMATS的C/Cython版本。主要的差别在于速度和存储资源上,相比较rMATS turbo要快100倍,输出文件要小1000倍。具体可以参考文档:https://github.com/Xinglab/rmats-turbo/blob/v4.1.0/README.md,因此我们安装rMATS turbo。 安装依赖:Python (either 2.7 or 3.6),BLAS,LAPACK,GNU Scientific Library,GCC...
rMATS turbo是rMATS的C/Cython版本。主要的差别在于速度和存储资源上,rMATS turbo相较于rMATS速度要快100倍,存储使用要小1000倍,因此我们安装rMATS turbo。 安装依赖:Python (either 2.7 or 3.6),BLAS,LAPACK,GNU Scientific Library,GCC,gfortran,CMake等。保证以上依赖均存在的情况下就可以进行安装了。其实安装好con...
新版rMATS下载解压后,你会发现有两个rmats.py执行脚本,这是由于rMATS v4.0.1 (turbo) was built with two different settings of Python interpreter,所以我们需要先测试下自己的系统支持那种,进入python,输入下述命令 >>> import sys >>> print sys.maxunicode ...
安装软件之前首先确认已安装Python2.7.x及所需模块(NumPy, BLAS, LAPACK, GSL and gfortran),在Python控制台输入以下命令检查编码类型: >>> import sys >>> print sys.maxunicode 根据编码类型的不同,选择使用不同版本的rMATS: 输出结果为1114111时,选择rMATS-turbo-xxx-UCS4; ...
安装: 代码语言:javascript 复制 cd/software/rMATS tar-zxcf/software/rMATS cd rMATS.4.0.2 可以发现该文件夹下出现了两个文件(rMATS-turbo-Linux-UCS2 和rMATS-turbo-Linux-UCS4),如何确定使用哪个文件夹下的文件呢?首先进入python控制台,然后输入以下内容: ...
新版rMATS下载解压后,你会发现有两个rmats.py执行脚本,这是由于rMATS v4.0.1 (turbo) was built with two different settings of Python interpreter,所以我们需要先测试下自己的系统支持那种,进入python,输入下述命令 代码语言:javascript 复制 >>>importsys>>>print sys.maxunicode ...