Hfq是细菌中普遍存在的一种Sm-like RNA-binding protein,参与了细菌的生理适应度和发病机制,但其在体内结合机制尚不明确。采用 (CLIP-seq)方法探究得到Y. pestis中全基因组的hfq结合RNA。发现Y. pestis的Hfq结合80%以上为mRNA,而且Hfq结合非编码小RNA (sRNAs),Motif为AGAAUAA和GGGGAUUA。这些结果共同展示了高质...
RIP可以看成是普遍使用的染色质免疫沉淀CHIP技术的类似应用, 蛋白结合对象是RNA,RIP-seq即对富集得到的RNA片段进行高通量测序,是了解转录后调控网络动态过程的有力工具,能够有效探究在基因范围内发现与蛋白或蛋白复合物相结合的RNA。 说完RIP-SEQ的技术原理,相信各位小伙伴对它也有了大概的了解,那在实际情况中我们该...
RIP-Seq结合了 RNA 免疫沉淀和高通量测序,其中相互作用的 RNA 通过目标蛋白的免疫沉淀被捕获。 对捕获的 RNA 进行高通量测序有助于了解转录后调控网络的动态过程。 优势 1. RIP-Seq 在解释各种 ncRNA(例如 miRNA 和 lncRNA)的 RNA-RBP 相互作用网络方面具有通用性。 2. 与CLIP-Seq相比,RIP-SEQ不需要进行UV...
相比clip-seq,RBPs靶标识别率提高了2-3倍 不同之处主要体现在RNA文库制备步骤 在免疫沉淀的磁珠上添加一个3'RNA接头用于和RNA片段交联;并且添加一个3'单链DNA接头用于反转录之后交联 (3)hiclip 2017年 hybrid and individual-nucleotide resolution UV cross-linking and immunoprecipitation; ...
CLIP-Seq The UV cross-linking and immunoprecipitation (CLIP) is another widely used method for the in vivo study of binding pattern between RBPs and numerous RNA targets, which reveals the biological functions of the binding process. The main principle is based on the covalent binding between RN...
蛋白质和RNA互作神器:RIP-seq & CLIP-seq | 环状RNA社区——CircRNA Community http://t.cn/A65igim7
RIP-seqCLIP-seqChartChIRPOnce viewed as part of the "dark matter" of genome, long noncoding RNAs (lncRNAs), which are mRNA-like but lack open ... LL Chen,CZ Jing - 《Advances in Experimental Medicine & Biology》 被引量: 43发表: 2014年 RIPSeeker: a statistical package for identifying ...
在过去的十年里，测序技术的飞跃性进步使大规模并行测序成为可能，极大地促进了RNA分析。RNA-seq技术允许在高分辨率下量化和描述细胞RNA的复杂性，超越了微阵列技术的能力。通过交联和免疫沉淀（CLIP）方法，可以鉴定调控蛋白-RNA相互作用。CLIP技术，尤其是HITS-CLIP、PAR-CLIP和iCLIP，已经成功应用于多种...
RIP-seq技术并不局限于miRNA与RBP(RNA结合蛋白)的传统研究,许多研究发现了lncRNA和蛋 白的互作,而lncRNA通过多种的分子机制参与到广泛的生物学过程中,RBP与lncRNA的互作网络为 lncRNA的细胞机制和疾病的发生、发展提供了新的研究线索和方向。 与CLIP-seq(紫外交联免疫沉淀结合高通量测序)相比,RIP-seq省略了紫外交...
RIP-seq与CLIP-seq即紫外交联免疫沉淀结合高通量测序相比,CLIP-seq需要先紫外交联,再进行免疫共沉淀,对操作要求高,成本也更高。而RIP-seq省略了紫外交联步骤,操作更加简单,成功率更高。RIP-seq技术并不局限于miRNA与RBP的传统研究,近期有许多研究发现了lncRNA和蛋白的互作,而lncRNA通过多种的分子机制参与到广泛的...