UV Cross-linking and Immunoprecipitation (CLIP-seq) 技术简介 紫外交联免疫沉淀(UV cross-linking and immunoprecipitation, CLIP)用于研究RNA结合蛋白在体内与众多RNA靶标的结合模式,揭示其生物学功能。主要原理是基于RNA分子与RNA结合蛋白在紫外照射下发生共价结合,提高RNA结合蛋白与相应RNA靶标的结合强度。 技术优势 ...
UV Cross-linking and Immunoprecipitation (CLIP-seq) 技术简介 紫外交联免疫沉淀(UV cross-linking and immunoprecipitation, CLIP)用于研究RNA结合蛋白在体内与众多RNA靶标的结合模式,揭示其生物学功能。主要原理是基于RNA分子与RNA结合蛋白在紫外照射下发生共价结合,提高RNA结合蛋白与相应RNA靶标的结合强度。 技术优势 ...
RIP-qPCR、RIP-Seq、CLIP-Seq等实验进一步证实了它们与非PolyA RNA的结合,这种结合在细胞分化与增殖中发挥了重要作用。 使用相关技术:RIP-qPCR、RNA免疫共沉淀RIP-Seq、RNA结合蛋白免疫沉淀技术 2. Bao. X.C. et al: The p53-induced lincRNA-p21 derails somatic cell reprogramming by sustaining H3K9me3 and...
CLIP-Seq The UV cross-linking and immunoprecipitation (CLIP) is another widely used method for the in vivo study of binding pattern between RBPs and numerous RNA targets, which reveals the biological functions of the binding process. The main principle is based on the covalent binding between RN...
实验步骤(以m6A-MeRIP-seq为例) 参考下图 首先提取total RNA,将RNA片段化(100nt左右) 使用带有m6A抗体的免疫磁珠对发生m6A甲基化修饰的RNA片段进行富集; 然后纯化富集到的RNA片段; 最后上机测序。 image from wiki RIP with RBPs 关于RIP与clip-seq的比较 ...
RIP可以看成是普遍使用的染色质免疫沉淀CHIP技术的类似应用, 蛋白结合对象是RNA,RIP-seq即对富集得到的RNA片段进行高通量测序,是了解转录后调控网络动态过程的有力工具,能够有效探究在基因范围内发现与蛋白或蛋白复合物相结合的RNA。 说完RIP-SEQ的技术原理,相信各位小伙伴对它也有了大概的了解,那在实际情况中我们该...
蛋白质和RNA互作神器:RIP-seq & CLIP-seq | 环状RNA社区——CircRNA Community http://t.cn/A65igim7
CHIP又叫染色质免疫共沉淀，利用抗原A与DNA B结合，同样是利用钥匙链找钥匙，钥匙开锁找到抗原A，就得到...
4)、CLIP———这是近年来的新兴技术,紫外交联RNA-RBP免疫沉淀技术,分为HITS-CLIP(CLIP-Seq)、PAR-CLIP、iCLIP、miCLIP,可以确定RNA与蛋白结合具体位点的碱基序列。 2、RIP和RNA-EMSA的联合分析,相互验证 这是经典研究策略,RIP是体内In Vivo研究RNA和蛋白互作,RNA-EMSA是体外In Vitro进行RNA和蛋白互作的验证,互...
RIP-seqCLIP-seqChartChIRPOnce viewed as part of the "dark matter" of genome, long noncoding RNAs (lncRNAs), which are mRNA-like but lack open ... LL Chen,CZ Jing - 《Advances in Experimental Medicine & Biology》 被引量: 43发表: 2014年 RIPSeeker: a statistical package for identifying ...