最具代表性的技术是RNA免疫沉淀测序(RIP-Seq)和交联-免疫沉淀测序(CLIP-Seq),这两种技术都是利用RBPs的抗体来下拉结合RNAs,但在原理和详细方案上略有不同。 RIP序列 RIP-Seq结合了 RNA 免疫沉淀和高通量测序,其中相互作用的 RNA 通过目标蛋白的免疫沉淀被捕获。 对捕获的 RNA 进行高通量测序有助于了解转录后调...
RNA immunoprecipitation sequencing (RIP-seq)是RNA免疫共沉淀结合高通量测序的一种技术,通过免疫沉淀靶蛋白来捕获互作的RNA。将捕获的RNA进行高通量测序,有助于了解转录后调控网络的动态过程。 技术优势 1. RNA-seq不仅局限于miRNA与RNA结合蛋白(RBP)的传统研究,而且能分析RBP与lncRNA的互作网络,帮助我们了解lncRNA在...
依据处理环节的稍微差别,CLIP-Seq目前有不同变体形式,例如 PAR-CLIP和HIT-CLIP。 我们的优势 测范围广:全基因组范围的RNA蛋白结合位点鉴定分析; 高性价比:基于抗体富集目标区域,有效降低测序数据量; 提供从实验设计,样品制备,测序,数据挖掘,到科学问题解析的整体方案 提供给客户专业的结题报告: 将结合相关领域的...
相比clip-seq,RBPs靶标识别率提高了2-3倍 不同之处主要体现在RNA文库制备步骤 在免疫沉淀的磁珠上添加一个3'RNA接头用于和RNA片段交联;并且添加一个3'单链DNA接头用于反转录之后交联 (3)hiclip 2017年 hybrid and individual-nucleotide resolution UV cross-linking and immunoprecipitation; ...
1. RIP-Seq is versatile in interpreting RNA-RBP interaction network with regard to various ncRNAs, such as miRNA and lncRNA. 2. Compared with CLIP-Seq, RIP-SEQ does not require conducting UV cross-linking, which makes it easy to operate and guarantee repeatable and accurate results. 3. Wit...
蛋白质和RNA互作神器:RIP-seq & CLIP-seq | 环状RNA社区——CircRNA Community http://t.cn/A65igim7
4)、CLIP———这是近年来的新兴技术，紫外交联RNA-RBP免疫沉淀技术，分为HITS-CLIP(CLIP-Seq)、PAR-...
RIP-seq测序 (有参考基因组)1、 数据质量评估及QC 2、 rRNA Reads过滤 3、 参考基因组比对分析 4、 唯一比对reads的分布统计 5、 数据的可视化 6、 结合峰检测 7、 结合峰注释及统计 8、 基因表达分析 9、 结合峰的motif检测 10、 共有及特有peak分析 ...
RIP-seqCLIP-seqChartChIRPOnce viewed as part of the "dark matter" of genome, long noncoding RNAs (lncRNAs), which are mRNA-like but lack open ... LL Chen,CZ Jing - 《Advances in Experimental Medicine & Biology》 被引量: 43发表: 2014年 RIPSeeker: a statistical package for identifying ...
CLIP-seq (crosslinking-immunprecipitationandhigh-throughput sequencing)即紫外交联免疫沉淀结合高通量测序,可以高通量研究RNA结合蛋白在体内与众多RNA靶标的结合模式,并揭示其在一些重要生物学过程中的功能,是一项在全基因组水平揭示RNA分子与RNA结合蛋白相互作用的革命性技术。