不同的RADseq技术所获得的loci的数量差异较大,总体来说:相比于GBS技术,Original RADseq和2b-RADseq可以获得更多的loci,因此,普遍认为这两种方法更适合用于探讨种群的进化关系,种群结构,gene flow等相关问题。 #RAD-seq 在生物进化研究中的应用: 生物的适应性: 基于RADseq数据,利用GWAS和Fst outlier两种分析方法发现...
选取分布于海南岛和邻近大陆地区的黄杞(Engelhardia roxburghiana?Wall.)为研究物种,对海南岛及其邻近大陆开展了大规模采样,并基于黄杞的RAD-Seq数据深入探索其遗传多样性、遗传结构、分化时间以及种群动态历史;同时,结合气候模型数据,评估该物种不同时期的适宜分布区域,以期更准确地揭示该区域的生物地理...
选取分布于海南岛和邻近大陆地区的黄杞(Engelhardia roxburghiana Wall.)为研究物种,对海南岛及其邻近大陆开展了大规模采样,并基于黄杞的RAD-Seq数据深入探索其遗传多样性、遗传结构、分化时间以及种群动态历史;同时,结合气候模型数据,评估该物种不同时期的适宜分布区域,以期更准确地揭示该区域的生物地理...
2. Q:RAD-seq的适用范围? A:可用于鉴定任何物种(有无参考基因组数据均可)的遗传图谱、多态(亲缘地理分析)、关联、QTL定位等分析。RAD-Seq技术可广泛应用于变异检测、遗传图谱构建、功能基因挖掘、群体进化等研究。 3. Q:用RAD-seq研究群体进化的优势是什么?
序言:目前(截止2020.04.01),针对RAD-seq数据的分析软件主要有伊利诺伊大学厄巴纳-香槟分校Catchen实验室的STACKS和哥伦比亚大学Deren Eato实验室的ipyrad(其前身为pyRAD),根据物种的系统发育分析实践得知,(1)其中前者比较侧重群体遗传学,后者更侧重物种的系统发生;(2)stacks会造成更多的数据缺失,可能是由于无法识别indel...
基于RADseq数据,利⽤GWA和Fstoutlier两种分析⽅法发现了与蝴蝶翅膀模式相关的loci,揭⽰了蝴蝶对⽣长环境的适应 机制。 2)种群进化历史 三刺鱼不同种群的有效种群⼤⼩(Ne),并结合最⼩等位基因频谱,讨论9个地理种群可能经历的种群瓶颈事件。
常⽤RADseq的⽣物信息学软件主要有Stacks，pyRAD，TASSEL。其中，Stacks因其可以适⽤各种类型的RADseq数据⽂件，获得更多的输出⽂件格式，更为⼴阔的适应性⽽被研究⼈员⼴泛使⽤，成为⽬前最为主流的RADseq分析软件。⽽pyRAD的优势在于其可以进⾏Small_InDel的检测和注释。TASSEL的优点在于其分析...
重测序(RADseq)做群体遗传分析套路 实验材料 构建的群体,或自然群体,如各地方品种。 RAD文库构建 提取DNA后,构建文库,简要步骤如下: ① 限制性内切酶TaqI酶切; ② 连接P1接头; ③ DNA随机打断片断化; ④ 目的片段回收与末端修复; ⑤ 连接P2接头; ⑥ RAD片段富集;...
GWAS的群体遗传分析也是包含这三个图,RADseq毕竟是简化基因组,得到的SNP有限,做这种群体分析效果肯定没有GWAS好。 Ref:Admixture:一款快速分析群体遗传结构的软件群体结构分析三种常用方法(下篇)群体结构分析三种常用方法 (上篇) ...
1.RAD-seq数据分析 RAD-seq共获得 388 Gb 原始数据,碱基质量 Q30 比例达到 94.39%。母本“Red Globe”的平均测序深度为52.7X,父本“Venus seedless”的平均测序深度为44.77X,子代平均测序深度为 7.25X(图1a)。通过对原始数据进行质控,最终“Red Globe”获得了85,503,839 个clean reads; “Venus seedless”,79...