NJ法是基于最小进化原理经常被使用的一种算法,它不检验所有可能的拓扑结构,能同时给出拓扑结构和分支长度。 GWAS的群体遗传分析也是包含这三个图,RADseq毕竟是简化基因组,得到的SNP有限,做这种群体分析效果肯定没有GWAS好。
这篇教程主要介绍如何使用Stacks分析基于酶切的二代测序结果,比如说等RAD-seq,分析步骤为环境准备,原始数据质量评估, 多标记数据分离,序列比对(无参则需要进行contigde novo组装),RAD位点组装和基因分型,以及后续的标记过滤和格式转换。 适用范围: 酶切文库类型:ddRAD, GBS, ezRAD, quad-dRAD和Rapture。 但是stack...
对变异进行过滤:过滤参数为缺失率小于或等于0.2、杂合率小于或等于0.2、最小等位基因频率(MAF) 大于或等于0.05,最终得到高质量的基因型数据。 聚类分析 群体分析三幅图:群体结构图(祖先成分堆叠图)、PCA、系统发生树。 在获得高质量的标记数据以后,利用vcftools将vcf文件处理得到plink.ped和plink.map文件(整理为plink...
这篇教程主要介绍如何使用Stacks分析基于酶切的二代测序结果,比如说等RAD-seq,分析步骤为环境准备,原始数据质量评估, 多标记数据分离,序列比对(无参则需要进行contigde novo组装),RAD位点组装和基因分型,以及后续的标记过滤和格式转换。 适用范围: 酶切文库类型:ddRAD, GBS, ezRAD, quad-dRAD和Rapture。 但是stack...
1.一种利用RAD-seq对胚胎进行PGS分析的方法,按照先后顺序包括以下步骤:步骤(1):体外培养受精卵,从囊胚的滋养我胚层提取细胞;步骤(2):将步骤(1)提取的细胞样本进行酶裂解,裂解得到的产物进行酶切、末端修复及加A、接头连接与接头开环处理、PCR扩增、纯化与第二次扩增,最后回收目的产物,即完成细胞RAD-seq测序文库...
进口黄水仙基于R A D-Seq的SNP标记开发与分析于文涛*1张明哲2沈建国1袁向芬3尹文秀2吕继洲^ 摘要为对海a进口黄水仙鱗茎观赏花卉进行快速高精准鉴定，开发其特异性单核苷酸多态性分子标记位点，本研 究通过对4种不同进n黄水仙品种和中国水仙共18个样品进行高通量简化基因组测序，得到进口黄水仙简化基因组信息；...
RAD-seq-02 群体进化分析 参考报价:面议 品牌:暂无 产地:暂无 型号:暂无 样本: 上海惠研生物科技有限公司 获取底价在线客服 查看同类生物信息学仪器 型号品牌PIPES指数 BioLadder生物信息在线分析可视化云平台青莲百奥7.9 虚拟筛选合研生物7.9 R语言分析生信精品小班鹿明生物7.9 ...
ddRADseq数据分析软件是由上海迅研生物科技有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2021SR1285285,属于分类,想要查询更多关于ddRADseq数据分析软件著作的著作权信息就到天眼查官网!
摘要 采用RAD-seq(Restriction-site associated DNA sequencing)对印尼虎鱼(Datnioides Pulcher)进行简化基因组测序,获得13308806个高质量干净读长(HQ clean reads),利用SSR搜索软件在所得序列中共检测到26359个SSR位点,由496种重复基序组成,主要分布在三、 四、 五碱基重复类型中,单碱基重复序列中最多的类型为A/T,...
请问RAD-seq测序的SNP结果怎么分析啊，有点搞不懂啊，求大神指点，谢谢！