NJ法是基于最小进化原理经常被使用的一种算法,它不检验所有可能的拓扑结构,能同时给出拓扑结构和分支长度。 GWAS的群体遗传分析也是包含这三个图,RADseq毕竟是简化基因组,得到的SNP有限,做这种群体分析效果肯定没有GWAS好。
重测序(RADseq)做群体遗传分析套路(3)|重测序构建的群体,或自然群体,如各地方品种。提取DNA后,构建文库,简要步骤如下:① 限制性内切酶TaqI酶切;② 连接P1接头;③ DNA随机打断片断化;④ 目的片段回收与末端修复;⑤ 连接P2接头;⑥ RAD片段富集;⑦ 上机测
这篇教程主要介绍如何使用Stacks分析基于酶切的二代测序结果,比如说等RAD-seq,分析步骤为环境准备,原始数据质量评估, 多标记数据分离,序列比对(无参则需要进行contigde novo组装),RAD位点组装和基因分型,以及后续的标记过滤和格式转换。 适用范围: 酶切文库类型:ddRAD, GBS, ezRAD, quad-dRAD和Rapture。 但是stack...
RAD-seq-02 群体进化分析 参考报价:面议 品牌:暂无 产地:暂无 型号:暂无 样本: 上海惠研生物科技有限公司 获取底价在线客服 查看同类生物信息学仪器 型号品牌PIPES指数 BioLadder生物信息在线分析可视化云平台青莲百奥7.9 虚拟筛选合研生物7.9 R语言分析生信精品小班鹿明生物7.9 ...
ddRADseq数据分析软件是由上海迅研生物科技有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2021SR1285285,属于分类,想要查询更多关于ddRADseq数据分析软件著作的著作权信息就到天眼查官网!
种质资源的有效保护是国家产业可持续发展的基础.广西地方鸡种质资源丰富,但保护和利用程度较低,鉴定和监测种质资源还仅依据简单的表型特征和生产数据,先进的分子标...
请问RAD-seq测序的SNP结果怎么分析啊，有点搞不懂啊，求大神指点，谢谢！
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基于SNP和InDel标记的余甘子群体遗传分析 【目的】采用高通量测序技术解析余甘子种质资源的群体遗传结构和遗传多样性,为余甘子系统分类,遗传资源创新利用提供理论基础.【方法】利用ddRADseq技术对112份余甘子... 普天磊,金杰,何璐,... - 《果树学报》 被引量: 0发表: 2023年 基于简化基因组测序的籽叶两用茶树遗传...
目前,肿瘤的基因分析的主要目标是DNA(BRCA1 / 2突变和HRD状态);而缺少对肿瘤细胞RNA的分析。本研究的目的是描述BRCA1、BRCA2和RAD51C野生型基因在卵巢组织中的剪接特征,并在FIGO III期高级别浆液性乳头状腺癌且对顺铂新辅助化疗有较...