2. Q:RAD-seq的适用范围? A:可用于鉴定任何物种(有无参考基因组数据均可)的遗传图谱、多态(亲缘地理分析)、关联、QTL定位等分析。RAD-Seq技术可广泛应用于变异检测、遗传图谱构建、功能基因挖掘、群体进化等研究。 3. Q:用RAD-seq研究群体进化的优势是什么? A:一般情况下,群体进化研究涉及较大的样本量,RAD
3.RADseq的⽣物信息学分析软件: 常⽤RADseq的⽣物信息学软件主要有tacks,pyRAD,TAEL。其中,tacks因其可以适⽤各种类型的RADseq数据⽂ 件,获得更多的输出⽂件格式,更为⼴阔的适应性⽽被研究⼈员⼴泛使⽤,成为⽬前最为主流的RADseq分析软件。⽽ pyRAD的优势在于其可以进⾏mall_InDel的检测...
NJ法是基于最小进化原理经常被使用的一种算法,它不检验所有可能的拓扑结构,能同时给出拓扑结构和分支长度。 GWAS的群体遗传分析也是包含这三个图,RADseq毕竟是简化基因组,得到的SNP有限,做这种群体分析效果肯定没有GWAS好。
选取分布于海南岛和邻近大陆地区的黄杞(Engelhardia roxburghiana?Wall.)为研究物种,对海南岛及其邻近大陆开展了大规模采样,并基于黄杞的RAD-Seq数据深入探索其遗传多样性、遗传结构、分化时间以及种群动态历史;同时,结合气候模型数据,评估该物种不同时期的适宜分布区域,以期更准确地揭示该区域的生物地理...
常⽤RADseq的⽣物信息学软件主要有Stacks，pyRAD，TASSEL。其中，Stacks因其可以适⽤各种类型的RADseq数据⽂件，获得更多的输出⽂件格式，更为⼴阔的适应性⽽被研究⼈员⼴泛使⽤，成为⽬前最为主流的RADseq分析软件。⽽pyRAD的优势在于其可以进⾏Small_InDel的检测和注释。TASSEL的优点在于其分析...
新的方案提高了实验效率并减少了ddRAD-Seq的时长,为了证明其实用性,作者比较了新方案的SNP与来自全基因组重测序数据的SNP。结果表明,相比现有方法,改进的ddRAD-Seq方法在识别系统发育和关联遗传研究的单核苷酸多态性分析方面是可靠的,同时降低了成本和时间。
“版纳植物园”)植物系统发育与多样性保护研究组,选取分布于海南岛和邻近大陆地区的黄杞(Engelhardia roxburghiana Wall.)为研究物种,对海南岛及其邻近大陆开展了大规模采样,并基于黄杞的RAD-Seq数据深入探索其遗传多样性、遗传结构、分化时间以及种群动态历史;同时,结合气候模型数据,评估该物种不同时期的适宜分布区域...
GWAS的群体遗传分析也是包含这三个图,RADseq毕竟是简化基因组,得到的SNP有限,做这种群体分析效果肯定没有GWAS好。 Ref:Admixture:一款快速分析群体遗传结构的软件群体结构分析三种常用方法(下篇)群体结构分析三种常用方法 (上篇) ...
使用stack分析RAD-seq 一次简化基因组数据分析实战 尽管目前已经有大量物种基因组释放出来,但还是存在许多物种是没有参考基因组。使用基于酶切的二代测序技术,如RAD-seq,GBS,构建遗传图谱是研究无参考物种比较常用的方法。Stacks就是目前比较通用的分析流程,能用来构建遗传图谱,处理群体遗传学,构建进化发育树。
首先是 RAD-Seq 技术,用它来获取红松的基因组数据。然后借助 TBtools-II 软件进行 SSR 挖掘,按照一定标准筛选出合适的 SSR 位点。还有引物设计和筛选技术,利用 Primer 6.0 软件设计引物,再通过 e-PCR 验证引物特异性,经过多轮筛选得到可用的引物。最后,运用多种数据分析软件,像 PowerMarker V3.25、GenAIEX 6.51b2...