一种是使用conda命令安装:conda install -c r package-name,需要注意的是conda下面的r包的名称与普通R包的名称不一样,具体名称可以在官网上面查询(http://docs.anaconda.com/anaconda/packages/r-language-pkg-docs/); 另外一种是直接进入conda下面的R交互界面,安装普通安装R包的方式进行安装,比如bioconductor或者in...
Seurat地址 主页:https://satijalab.org/seurat/ bioconda:https://anaconda.org/bioconda/r-seurat 安装Seurat conda activate r411 conda instal r-seurat # r-seurat-4.0.5 # r-seuratobject-4.0.3 依赖和数据 library("Seurat")library("stringr")men=read.table("=cells_rawcount.txt",sep="\t",heade...
conda的镜像源配置好后,安装内容冲突 百度后发现是因为发现以下规范存在冲突,因此我又回退到了官网上推荐的安装方法,在install后面加上了-c conda-forge。 代码语言:javascript 复制 conda install-c conda-forge r-rgeos 目前是没有问题,在等待着看看一会有没有报错。 图片.png 图片.png 等待了半个小时后,成功安...
1. 首先将 Seurat 2 所在的library 加载进来 > .libPaths("/data/home/heshuai/R/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-library") > .libPaths() [1] "/data/home/heshuai/R/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-library" "/data/home/heshuai/anaconda3/lib/R/library" > 1. 2. 3. 4. 2. detach Seurat ...
在进行单细胞的数据分析之前,相信每个小伙伴都经历过在Linux服务器或者自己本地化的电脑上装包到抓狂的过程,我就是其中的一个。 我在4月的时候开心的拿到我下游的R语言的数据,准备认真的做几次的复现,然后直接走下面大家的单细胞分析流程,但是我4月初卡在了装包上,通过一个一个手动的添加所需要的依赖库还有缺少...
reticulate::use_condaenv(condaenv = '/home/data/will/miniforge3/envs/sc', required = TRUE) 读取.h5ad文件 使用anndata包读入adata.h5ad文件,读入后的adata数据结构如下,X储存了表达矩阵行样本名列是基因名,obs对应seurat中的meta.data是细胞的注释信息,var为基因的注释信息数据框 ...
conda的安装和配置教程,使得电脑能安装python和机器学习深度学习生信环境 146 -- 8:45 App 使用UCell,GSVA,ssGSEA进行单细胞通路富集分析和自定义通路富集分析补充讲解视频 127 -- 13:02 App 单细胞拷贝数变异分析1,构建infercnv分析对象 116 -- 6:52 App 任意一组基因列表在任意物种中的GO和KEGG通路富集分析...
# conda install -c conda-forge r-nloptr library(nloptr) 1 install.packages("ggpubr") 最终还是不得不装R4.*了,因为Seurat最新的功能必须要用v4,而v4只能在R4以后的版本安装。 这里还是用conda来安装,为了方便管理。 这里居然有一键安装教程,厉害了。
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重新在网页RStudio 载入SeuratDisk > library(SeuratDisk) Registered S3 method overwritten by 'SeuratDisk': method from as.sparse.H5Group Seurat 成功! 至于,/home/lpt/hdf5/hdf5-1.8.17/hdf5/lib,可能需要在终端安装一遍hdf5,$conda install -c anaconda hdf5,或者本地安装。