要在Conda环境中安装seurat(通常指的是R语言中的Seurat包,用于单细胞RNA测序数据分析),你需要遵循以下步骤。不过,需要注意的是,Conda主要用于管理Python环境和包,而Seurat是一个R包。因此,虽然你可以通过Conda来管理R环境和一些R包,但并非所有R包都可在Conda中直接找到。 打开命令行界面: 打开你的终端(Terminal)或...
首先,我们需要创建一个新的conda环境。打开终端,然后输入以下命令:conda create -n myenv python=3.8这个命令会创建一个名为“myenv”的新conda环境,并指定Python版本为3.8。 激活conda环境接下来,我们需要激活新创建的conda环境。在终端中输入以下命令:source activate myenv或者在Windows系统中输入:conda activate my...
原因: 你肯定在执行conda install r-seurat 过程中有ctrl +c 打断过下载过程,或者同时开着好多个conda install下载, 导致安装包缓存混乱,导致无法安装。因为conda下各个环境的下载文件都是在miniconda3/pkgs 这个统一目录下的,你同时安装,又有打断行为,很混乱。 解决办法:conda clean -all 用来删除缓存数据,删除没...
conda create -n R-env conda activate R-env 在创建的环境内,安装R conda install r-base=4.4.1 ## 可以安装指定的R版本 打开R,安装Seurat install.packages('Seurat') 我在安装的时候遇到了下列的错误 cannot find -lxml2: No such file or directory 一般遇到cannot find XXXX 时,可以先暂时退出R;然后...
conda install anndata-c bioconda#R中操作#安装R包,sceasy可以实现多种数据形式的转化,https://github.com/cellgeni/sceasydevtools::install_github("cellgeni/sceasy")library(sceasy)library(reticulate)use_condaenv('sceasy')loompy<-reticulate::import('loompy') ...
#创建r4的虚拟环境conda install r-base=4.2.3-c conda-forge conda install r-seurat (安装的版本为4.2.3) 用conda 安装的R包将储存在~/miniconda3/envs/r4/lib/R/library 加载报错,解决办法 参考:https://www.jianshu.com/p/d90da82c4b54
昨天是把能编译好的g++环境和stringi安装上了,也跟了那个帖子,但是发现rgeos还是装不上,请教了师兄,师兄说我的R是用的Conda装的,所以后面装包的话尽量用conda装,这样可以减少后面环境编译引起的问题。 conda的error 因此先尝试用conda安装rgeos。 代码语言:javascript ...
# conda install -c conda-forge r-nloptr library(nloptr) 1 install.packages("ggpubr") 最终还是不得不装R4.*了,因为Seurat最新的功能必须要用v4,而v4只能在R4以后的版本安装。 这里还是用conda来安装,为了方便管理。 这里居然有一键安装教程,厉害了。
conda install anndata==0.6.19scipy==1.2.1-c bioconda conda install loompy-c biocond 然后在R语言中安装: 代码语言:javascript 复制 devtools::install_github("cellgeni/sceasy")if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install(c("LoomExperiment","Sin...
library(SeuratWrappers)obj <- IntegrateLayers(object = obj, method = scVIIntegration,new.reduction = "integrated.scvi",conda_env = "/home/rootyll/mambaforge/envs/scvi", verbose = FALSE) 在r中成功运行的样子: 没有gpu的话,会巨慢无比。