conda安装seurat 文心快码BaiduComate 要在Conda环境中安装seurat(通常指的是R语言中的Seurat包,用于单细胞RNA测序数据分析),你需要遵循以下步骤。不过,需要注意的是,Conda主要用于管理Python环境和包,而Seurat是一个R包。因此,虽然你可以通过Conda来管理R环境和一些R包,但并非所有R包都可在Conda中直接找到。 打开命令...
conda install r-base=4.2.2 7.检查是否安装好R4.2 /home/tools/miniconda3/envs/R4.2.2/bin/R (注意:如果进入R命令行表示安装成功) 8. 查找conda官方安装seurat的命令 R Seurat :: Anaconda.org 打开上方网址,发现conda给出了建议安装命令如下: 9. 安装seurat conda install r-seurat (注意:我没有写错代...
在终端中输入以下命令:conda install -c conda-forge r-seurat这个命令将安装Seurat包及其依赖项。请注意,这里我们使用了“r-seurat”而不是“r-seurat”,因为Seurat包是在R语言中使用的。 验证安装最后,我们需要验证Seurat包是否成功安装。在终端中输入以下命令:R -e “library(Seurat)”如果Seurat包成功安装,这个...
使用服务器上面的Rstudioserve安装R包Seurat总是报错,无乱是使用install.packages还是BioManager和devtools,报错的原因总是非零,上网百度了很多还是没有办法解决,有的方法还需要管理员权限,比较麻烦。 于是换成conda安装R包,但是提示还是安装失败了,猜测主要原因可能是安装R包的环境比较杂,因为之前已经在这里面安装了一些...
注意:R和Python必须同时装,jupyter也要重新安装。 1 2 3 4 5 6 7 # install a newest version of R conda create -n r441 r-base=4.4.1 python=3.13 conda activate r441 pipinstalljupyter IRkernel::installspec(name ='ir44', displayname ='R 4.4') ...
每个大的R或python软件包自行创建一个新conda env,env的名字以软件包的名字命名,例如seurat4和seurat5 新的conda env一般在base环境下创建 安装R包的几种方式 R命令行安装方式: install.packages(c('cowplot', 'ggridges')), 适用于发布在CRAN的R包 ...
conda install R 安装指定版本的R软件: conda install R=3.5.1 -y 安装R包 安装最新的R包: conda install -c conda-forge r-base conda install -c conda-forge r-essentials #-y表示遇到yes/no选择时,默认选yes conda install -c ...
CRANdep<-c("Seurat","reticulate","R.utils","dplyr","ggplot2","clustree","ape","gtools","future","grid","gridExtra","magrittr","limma","patchwork","crayon","ggExtra","RColorBrewer","ggplotify","RANN","umap","celldex","curl","httr","lattice","session","shinythemes","usethis...
(banbensh)rstudio~$ find~-name Seurat/home/rstudio/miniconda3/envs/velocyto/lib/R/library/Seurat/home/rstudio/miniconda3/envs/velocyto/lib/R/library/Seurat/R/Seurat/home/rstudio/miniconda3/envs/banbensh/lib/R/library/Seurat/home/rstudio/miniconda3/envs/banbensh/lib/R/library/Seurat/R/Se...
conda 基于python3.8安装R语言4+Seurat4_运维自动化&云计算的博客_conda r conda 安装R语言及其R包 - 简书 conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge ...