conda install -c conda-forge r-seurat 但如上所述,更可靠的方法是先安装R环境,然后通过R的包管理器来安装Seurat。如果你已经有一个Conda管理的R环境,你可以跳过这一步,直接进入下一步。 如果没有,你可以通过以下命令安装R: bash conda create -n myrenv r-essentials 其中myrenv是你想要创建的Conda环境...
问题1:conda install r-seurat全部下载完后安装过程出现问题,如下: ClobberError: The package ' 404 | 清华大学开源软件镜像站 | Tsinghua Open Source Mirror' cannot be installed due to a path collision for 'lib/R/library/BH/include/boost/xpressive/traits/c_regex_traits.hpp'. This path already exis...
安装Seurat包现在,我们需要在新的conda环境中安装Seurat包。在终端中输入以下命令:conda install -c conda-forge r-seurat这个命令将安装Seurat包及其依赖项。请注意,这里我们使用了“r-seurat”而不是“r-seurat”,因为Seurat包是在R语言中使用的。 验证安装最后,我们需要验证Seurat包是否成功安装。在终端中输入以下...
#使用conda安装R包 conda install r-seurat #进入R R #加载Seurat观察安装R包是否成功 library(Seurat) 加载Seurat包后,会出现两行提示 这里值得一提的是,我们安装R包可以选择mamba命令,这样的话更加快;此外经常安装失败的一些R包我的建议是都是conda新建一个环境来安装,这样的话比较省事。 除了conda可以安装R包,...
conda install mamba -c conda-forge mamba install r-base=4.3.2 再之后想要在某个环境下安装软件只需要从conda的base环境先source 对应的env name,再安装即可,例如: source activate seurat4 mamba install scanpyormamba install r-devtools # install Seurat v4.4.0install.packages('devtools')install.packages...
通过装seurat4顺带装上R4,核心包给拿下。 1 conda create -n r4p3 -c conda-forge -c bioconda r-seurat=4* python=3.8 不要在conda env里装jupyter,因为我们希望能够用base里的jupyter统领所有env下面的kernel。 1 condainstalljupyter nb添加目录 ...
conda install R 安装指定版本的R软件: conda install R=3.5.1 -y 安装R包 安装最新的R包: conda install -c conda-forge r-base conda install -c conda-forge r-essentials #-y表示遇到yes/no选择时,默认选yes conda install -c ...
本文以jupyter调用Seurat 4.0的docker环境为例子说明 1. 首先安装docker 去官网下载相关的版本和安装,需要注意的是如果是windows10的家庭版本电脑,安装docker之前需要先安装ubuntu和WSL2 2. 安装Seurat 4.02镜像 docker pull satijalab/seurat:4.0.2 3. 启动镜像 ...
pip install cellphonedb # 假如网络不行,就加上 -i http://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/ # 很简单就安装成功, 试试看运行它 获取帮助信息 cellphonedb --help 首先需要把自己的单细胞表达量矩阵和细胞分类等表型信息准备好,参考:把Seurat对象里面表达量矩阵和细胞表型信息输出给CellPhoneDB做细胞通讯 ...
CRANdep<-c("Seurat","reticulate","R.utils","dplyr","ggplot2","clustree","ape","gtools","future","grid","gridExtra","magrittr","limma","patchwork","crayon","ggExtra","RColorBrewer","ggplotify","RANN","umap","celldex","curl","httr","lattice","session","shinythemes","usethis...