问题1:conda install r-seurat全部下载完后安装过程出现问题,如下: ClobberError: The package ' 404 | 清华大学开源软件镜像站 | Tsinghua Open Source Mirror' cannot be installed due to a path collision for 'lib/R/library/BH/include/boost/xpressive/traits/c_regex_traits.hpp'. This path already exis...
每个大的R或python软件包自行创建一个新conda env,env的名字以软件包的名字命名,例如seurat4和seurat5 新的conda env一般在base环境下创建 安装R包的几种方式 R命令行安装方式: install.packages(c('cowplot', 'ggridges')), 适用于发布在CRAN的R包 BiocManager::install(c("HiTC")), 适用于发布在bioconducto...
docker run -it --name notebook-server -p 7777:8888 -v /Users/liji/PycharmProjects/docker_R:/Users/liji/PycharmProjects/docker_R satijalab/seurat:4.0.2 /bin/bash 4. 在镜像里面安装jupyter 如果docker的镜像没有vi,需要安装下 apt-getupdate apt-getinstall vim # 安装 jupyter pip install jupy...
通过装seurat4顺带装上R4,核心包给拿下。 1 conda create -n r4p3 -c conda-forge -c bioconda r-seurat=4* python=3.8 不要在conda env里装jupyter,因为我们希望能够用base里的jupyter统领所有env下面的kernel。 1 condainstalljupyter nb添加目录 1 2 pipinstalljupyter_contrib_nbextensions jupyter contrib ...
install.packages('Seurat')2.3.2使用conda安装R包有些包使用R安装不了,会报错,这时候可以使用conda安装,教程如下:# 假设安装glmnet包 conda install -c conda-forge r-glmnet # 假设安装IRkernel包 conda install -c conda-forge r-IRkernel参考: Linux 中conda 安R3...
conda 基于python3.8安装R语言4+Seurat4_运维自动化&云计算的博客_conda r conda 安装R语言及其R包 - 简书 conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge ...
scanpy和seurat是最常用的分析的单细胞的工具,seurat基于R,而scanpy基于python。...linux下用pip安装scanpypipinstallscanpy下载测试数据 mkdir data wget http://cf.10xgenomics.com/samples/cell-exp...使用标准化的数据进行可视化 sc.pl.umap(adata, color=['CST3', 'NKG7', 'PPBP'], use_raw=False) ?....
单细胞-SeuratR包安装第二弹安装完成 昨天是把能编译好的g++环境和stringi安装上了,也跟了那个帖子,但是发现rgeos还是装不上,请教了师兄,师兄说我的R是用的Conda装的,所以后面装包的话尽量用conda装,这样可以减少后面环境编译引起的问题。 04 一文掌握 conda 安装配置生物信息软件 ...
Error: package or namespace load failed for ‘hdf5r’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...): unable to load shared object '/home/welison/.conda/envs/mamba/envs/seurat5.0_decontx/lib/R/library/hdf5r/libs/hdf5r.so': /home/welison/.conda/envs/decontX_reticulate/lib/python3.10/...
$ conda skeleton cran https://github.com/reptalex/phylofactor Tip: install CacheControl and lockfile (conda packages) to cache the CRAN metadata Fetching metadata from https://cran.r-project.org/ Parsing input package https://github.com/reptalex/phylofactor: .. name: phylofactor location: htt...