现在,我们需要在新的conda环境中安装Seurat包。在终端中输入以下命令:conda install -c conda-forge r-seurat这个命令将安装Seurat包及其依赖项。请注意,这里我们使用了“r-seurat”而不是“r-seurat”,因为Seurat包是在R语言中使用的。 验证安装最后,我们需要验证Seurat包是否成功安装。在终端中输入以下命令:R -e ...
conda create -n r4p3 -c conda-forge -c bioconda r-seurat=4* python=3.8 不要在conda env里装jupyter,因为我们希望能够用base里的jupyter统领所有env下面的kernel。 1 condainstalljupyter nb添加目录 1 2 pipinstalljupyter_contrib_nbextensions jupyter contrib nbextensioninstall--user 配置Jupyter,确保可以远...
devtools::install_local('./seurat.zip'), 适用于网络不好的时候,把R包下载到本地安装 linux命令行conda安装方式: conda/mamba install r-cowplot,此为linux命令,非R命令,使用对应R环境下的conda或mamba安装,适用于依赖较多通过以上几种方法安装失败的时候(一般会优选这种方式,因为安装速度快,相关依赖包的解决好)...
conda install -c conda-forge r-base conda install -c conda-forge r-essentials #-y表示遇到yes/no选择时,默认选yes conda install -c conda-forge r-seurat -y conda install -c conda-forge r-xml -y conda install -c conda-...
在GitHub的包,都是使用 install_github 函数,不过少部分小伙伴可能会失败,因为他们访问GitHub会失败。 另外就是,大家在安装它的时候,它没办法很好的自动解决它自己的依赖问题,所以官网给了其系列依赖包的独立安装方式。 首先是在cran的 代码如下所示: CRANdep <- c("Seurat","reticulate","R.utils","dplyr",...
单细胞转录组(scRNA-seq)分析标准流程(上集,R Seurat) 2.0万播放 GEO数据库挖掘,基因表达矩阵的下载与生成(R语言) 2.1万播放 生信数据挖掘之GEO数据的下载与处理 1.3万播放 单细胞测序1一细胞分群图UMAP,tSNE 2.3万播放 FASTQ质控软件FASTP的入门介绍|下载、安装、运行及结果解读演示 9774播放 【中英双语】Illumina...
单细胞-SeuratR包安装第二弹安装完成 conda install -c conda-forge/label/gcc7 r-rgeos conda install -c conda-forge/label/cf201901 r-rgeos conda...install -c conda-forge/label/cf202003 r-rgeos 这是我在官网上看到的安装方式,我选择了第一个。...sudo conda install -c conda-forge r-rgeos [...
在GitHub的包,都是使用 install_github 函数,不过少部分小伙伴可能会失败,因为他们访问GitHub会失败。 另外就是,大家在安装它的时候,它没办法很好的自动解决它自己的依赖问题,所以官网给了其系列依赖包的独立安装方式。 首先是在cran的 代码如下所示: 代码语言:javascript ...
单细胞-SeuratR包安装第二弹安装完成 conda install -cconda-forge/label/gcc7 r-rgeos conda install -cconda-forge/label/cf201901 r-rgeos conda install -cconda-forge/label/cf202003 r-rgeos 这是我在官网上看到的安装方式,我选择了第一个。 sudo conda install -cconda-forger-rgeos [inu7zn786f.png...