这段代码首先检查BiocManager是否已安装(BiocManager是Bioconductor项目的包管理器,Seurat是Bioconductor的一部分),如果没有安装,则先安装BiocManager,然后使用BiocManager来安装Seurat。 验证Seurat是否成功安装: 在R中,你可以通过加载Seurat包来验证它是否已成功安装: R library(Seurat) 如果没有出现错误消息,那么Seurat就...
conda install r-base=4.2.2 7.检查是否安装好R4.2 /home/tools/miniconda3/envs/R4.2.2/bin/R (注意:如果进入R命令行表示安装成功) 8. 查找conda官方安装seurat的命令 R Seurat :: Anaconda.org 打开上方网址,发现conda给出了建议安装命令如下: 9. 安装seurat conda install r-seurat (注意:我没有写错代...
在终端中输入以下命令:conda install -c conda-forge r-seurat这个命令将安装Seurat包及其依赖项。请注意,这里我们使用了“r-seurat”而不是“r-seurat”,因为Seurat包是在R语言中使用的。 验证安装最后,我们需要验证Seurat包是否成功安装。在终端中输入以下命令:R -e “library(Seurat)”如果Seurat包成功安装,这个...
conda install r-seurat #进入R R #加载Seurat观察安装R包是否成功 library(Seurat) 加载Seurat包后,会出现两行提示 这里值得一提的是,我们安装R包可以选择mamba命令,这样的话更加快;此外经常安装失败的一些R包我的建议是都是conda新建一个环境来安装,这样的话比较省事。 除了conda可以安装R包,其实想解决任何一切...
注意:R和Python必须同时装,jupyter也要重新安装。 1 2 3 4 5 6 7 # install a newest version of R conda create -n r441 r-base=4.4.1 python=3.13 conda activate r441 pipinstalljupyter IRkernel::installspec(name ='ir44', displayname ='R 4.4') ...
安装指定版本的R软件: conda install R=3.5.1 -y 安装R包 安装最新的R包: conda install -c conda-forge r-base conda install -c conda-forge r-essentials #-y表示遇到yes/no选择时,默认选yes conda install -c conda-forge r-s...
每个大的R或python软件包自行创建一个新conda env,env的名字以软件包的名字命名,例如seurat4和seurat5 新的conda env一般在base环境下创建 安装R包的几种方式 R命令行安装方式: install.packages(c('cowplot', 'ggridges')), 适用于发布在CRAN的R包 ...
另外就是,大家在安装它的时候,它没办法很好的自动解决它自己的依赖问题,所以官网给了其系列依赖包的独立安装方式。 首先是在cran的 代码如下所示: 代码语言:javascript 复制 CRANdep<-c("Seurat","reticulate","R.utils","dplyr","ggplot2","clustree","ape","gtools","future","grid","gridExtra","magri...
1. Linux系统安装anacondaLinux中安装Anaconda和cutadapt_韩建刚(CAAS-UCD)的博客_cutadapt安装 2. 配置镜像,参考下面三个文章,实测非常有效 conda配置R虚拟环境及导入R包_科研小工努力搬砖的博客_r语言虚拟环境 conda 基于python3.8安装R语言4+Seurat4_运维自动化&云计算的博客_conda r ...
name: R prefix: /home/victor/mambaforge/envs/R channels: - conda-forge - bioconda dependencies: - r-base=4.3.2 - r-monocle3 - r-terra - r-tidyverse - r-lme4 - r-ggrastr - r-pheatmap - r-plotly - r-gplots - conda-forge:r-seurat ...