conda install r-seurat (注意:我没有写错代码,就是 conda install r-seurat 。 官方的-c 表示临时增加一个镜像, conda-forge 表示临时增加的镜像是官方默认网站conda-forge,下载极度慢慢慢慢慢!!!如果去掉 -c conda-forge, 就只会用我们之前在.condarc 中设置的清华镜像,特别快快快快快!!!很多人都是信了官方...
首先,确保你已经安装了Miniconda或Anaconda,并且已经初始化了Conda环境。然后,你可以尝试通过Conda来安装R和Seurat包。但是,由于Seurat可能不在Conda的默认仓库中,你可能需要先安装R,然后通过R的包管理器(如install.packages()函数)来安装Seurat。 不过,如果你确实想通过Conda来尝试安装(尽管可能不成功),你可以使用以下命...
conda install r-base=4.4.1 ## 可以安装指定的R版本 打开R,安装Seurat install.packages('Seurat') 我在安装的时候遇到了下列的错误 cannot find -lxml2: No such file or directory 一般遇到cannot find XXXX 时,可以先暂时退出R;然后linux中安装缺少的package,这里缺少的是lxml2 conda install lxml 安装完成...
首先,我们需要创建一个新的conda环境。打开终端,然后输入以下命令:conda create -n myenv python=3.8这个命令会创建一个名为“myenv”的新conda环境,并指定Python版本为3.8。 激活conda环境接下来,我们需要激活新创建的conda环境。在终端中输入以下命令:source activate myenv或者在Windows系统中输入:conda activate my...
1: conda install -c conda-forge libopenblas 2: conda install -c conda-forge/label/broken libopenblas 导入包后,提示默认的R版本中装globals和listenv的版本比较低,根据提示的版本信息,采用conda升级即可。 conda install -c r r-globals=0.12.5 ...
install.packages('remotes')remotes::install_github(repo='satijalab/seurat',ref='develop')library(Seurat) conda 安装 如果上述步骤尝试不可行,请尝试下面方法用 conda 安装 R 及 Seurat #创建r4的虚拟环境conda install r-base=4.2.3-c conda-forge conda install r-seurat (安装的版本为4.2.3) 用conda ...
依然用的是conda install -c conda-forge r-rgeos进行安装,同样是出现了报错。 这里报错的意思是我们的镜像设置的是有问题的,连不上清华的镜像,导致找不到这个url。 首先我把https改成了http,还是报错,因此我感觉应该不是什么公开链接源的问题。 因此我尝试去了清华镜像源的网站,发现conda-forge目录进不去了。
# conda install -c conda-forge r-nloptr library(nloptr) 1 install.packages("ggpubr") 最终还是不得不装R4.*了,因为Seurat最新的功能必须要用v4,而v4只能在R4以后的版本安装。 这里还是用conda来安装,为了方便管理。 这里居然有一键安装教程,厉害了。
conda install anndata==0.6.19scipy==1.2.1-c bioconda conda install loompy-c biocond 然后在R语言中安装: 代码语言:javascript 复制 devtools::install_github("cellgeni/sceasy")if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install(c("LoomExperiment","Sin...
conda install anndata-c bioconda#R中操作#安装R包,sceasy可以实现多种数据形式的转化,https://github.com/cellgeni/sceasydevtools::install_github("cellgeni/sceasy")library(sceasy)library(reticulate)use_condaenv('sceasy')loompy<-reticulate::import('loompy') ...