手动安装第一个包后发现有可能还是编译的环境出现了问题,因此我还是选择用conda进行安装。 代码语言:javascript 复制 conda install-c conda-forge r-rcppannoy 解决到这里,我在想我为什么没有一开始直接conda安装seurat呢,感觉这样直接能越过这些问题,节省不少时间吧,/(ㄒoㄒ)/~~。 又等了半个小时,安装包装完了。
#使用conda安装R包 conda install r-seurat #进入R R #加载Seurat观察安装R包是否成功 library(Seurat) 加载Seurat包后,会出现两行提示 这里值得一提的是,我们安装R包可以选择mamba命令,这样的话更加快;此外经常安装失败的一些R包我的建议是都是conda新建一个环境来安装,这样的话比较省事。 除了conda可以安装R包,...
5安装在服务器上 上述4种方式主要针对于PC端的R包安装,在服务器上一般使用conda安装,配置好环境之后,使用代码: conda install -c bioconda “R包名称” 即可实现R包的安装,且成功率很高。 安装之后,需要加载,运用函数library()或者require(),若不报错即安装成功,可以正常使用。若报错,就需要根据具体的报错内容查...
R Seurat :: Anaconda.org 打开上方网址，发现conda给出了建议安装命令如下：9. 安装seurat conda insta...
安装Seurat时,我直接使用R进行安装,发现所选择的镜像似乎都不能正常安装,无奈采用 conda install -c r package-name的方式进行安装。 seurat的安装方式是conda install -c conda-forge r-seurat 该方法速度很快哦,比R的交互界面安装包速度大概提升了10倍~当然,这个数字也得看个人网络问题。
1. 首先将 Seurat 2 所在的library 加载进来 > .libPaths("/data/home/heshuai/R/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-library") > .libPaths() [1] "/data/home/heshuai/R/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-library" "/data/home/heshuai/anaconda3/lib/R/library" ...
conda instal r-seurat # r-seurat-4.0.5 # r-seuratobject-4.0.3 依赖和数据 library("Seurat")library("stringr")men=read.table("=cells_rawcount.txt",sep="\t",header=T,row.names=1) 过滤cell & gene ## Filter ### # r-seurat-4.0.5 # r-seuratobject-4.0.3 # 1 删除稀有基因...
最终还是不得不装R4.*了,因为Seurat最新的功能必须要用v4,而v4只能在R4以后的版本安装。 这里还是用conda来安装,为了方便管理。 这里居然有一键安装教程,厉害了。 1 conda create -n seurat4 -c conda-forge -c bioconda r-seurat=4* 重点: 建一个单独的R4的文件夹 ...
我试图使用R和Python建立一个用于数据分析的集成工作流,并遇到以下错误: 我在Ubuntu 19.04。使用木星1.0.0、Python3.7.4、R3.5.1、irkernel 1.0.2和rpy2 3.1.0运行conda环境,并通过R安装了R包Seurat。当我使用R内核创建一个木星笔记本时,我可以用library(Seurat)加载Seurat。<- as(allen, 'SingleCe ...
conda install libgit2 1. 再补充一个问题 解决办法 https://github.com/r-lib/systemfonts/issues/35管理员输入 sudo apt -y install libfontconfig1-dev 1. 就没什么问题了 补充stringi安装问题 我今天在mac上尝试自己安装一个conda R4.0.3的环境,因为我的电脑上安装了Seurat2,和Seurat4,唯独没有Seruat3,...