ssDRIP技术简介: ssDRIP(single-strand DNA ligation-based library construction ofDNA:RNA hybridimmunoprecipitation and sequencing)是一种基于抗体富集,单链DNA建库的“DNA:RNA杂合链免疫共沉淀及高通量测序技术”利用针对R-Loop结构中的ssDNA链建库测序,能够在全基因组范围内检测R-Loop结构中的DNA链,设置RNase H文...
DRIPc-Seq(DNA:RNA immunoprecipitation followed by cDNA conversion coupled to high throughput sequencing)是一种基于抗体富集,RNA反转录链建库的“DNA:RNA杂合链免疫共沉淀及高通量测序技术”,利用针对R-Loop结构中的RNA链反转录进行建库测序,能够在全基因组范围内检测R-Loop结构中的RNA链;针对长链mRNA、LncRNA及c...
R-loop的形成与转录过程密不可分,所以其水平也受转录的调控,很多研究表明Pol II在DNA上的暂停(pausing)会诱导R-loop的产生。在分布方面,基因密度高的转录活跃的基因上通常可以检测到更多的R-loop;反之,基因密度较低的区域上R-loop则较少。一些拓扑异构酶、核酸酶、解旋酶、RNA加工因子以及核糖核酸酶RNase H1和RN...
相比于传统的全基因组测序,R-loop高通量脱靶检测省时省力,经济实惠,可用于规模化的评估和筛选。 1 R-loop脱靶检测实验原理 利用CBE作用于单链DNA的特性,通过nSaCas9在编辑靶点外的基因组区段诱导R-loop,从而人为制造单链DNA(ssDNA)区域,可放大CBE...
目前,主要有两种检测R-loop基因组定位的方法。第一种方法依赖于S9.6抗体,S9.6能够识别DNA:RNA杂合双链,这类方法包括DNA:RNA immunoprecipitation(DRIP),以及基于DRIP的改进的方法:bis-DRIP,S1-DRIP和RDIP【7-10】。这类方法应用比较广泛,但实验操作比较...
R-Loop在基因组中广泛存在，主要集中于转录起始和终止区域，参与基因表达调控、DNA复制及组蛋白修饰等生物学过程。为了深入研究R-Loop，云序生物推出了高灵敏度的R-Loop测序服务，包括DRIPc-Seq和ssDRIP-Seq技术。DRIPc-Seq技术基于抗体免疫沉淀和RNA反转录链构建，能够在全基因组范围内检测R-Loop结构中...
开发更精确的R-loop检测工具,如R-ChIP技术,以提高对R-loop动态的解析能力。 探索其他RNA修饰(如m1A、Ψ)在R-loop调控中的作用,以及它们与m6A和m5C的协同作用。 研究不同细胞类型(如神经元、干细胞、癌细胞)中R-loop和RNA甲基化的调控机制差异。
同时，它们还与基因表达调控紧密相关，通过在基因启动子和终止子区域的富集来调节基因的转录活性。此外，在探讨R-loop的细胞生理角色时，科学家们可以利用多种研究方法。例如，他们可以使用S6抗体或与GFP融合的RNase H1杂交结合域来检测DNA-RNA杂交双链，从而深入了解R-loop的形成与功能。R-loop的检测手段 ...
与已报道的全基因组R-loop检测方法相比,ssDRIP-seq表现出易操作、精准、高效、高度灵敏、可重复性好等优点,并且可获得DNA链特异性信息。基于ssDRIP-seq,该研究获得了拟南芥全基因组水平R-loop的精准分布特征,如R-loop在拟南芥基因组中分布广泛且相对稳定,与基因表达、DNA甲基化、染色质修饰、GC/AT skew等存在着...
开发更精确的R-loop检测工具,如R-ChIP技术,以提高对R-loop动态的解析能力。 探索其他RNA修饰(如m1A、Ψ)在R-loop调控中的作用,以及它们与m6A和m5C的协同作用。 研究不同细胞类型(如神经元、干细胞、癌细胞)中R-loop和RNA甲基化的调控机制差异。