相对于其它检测R-loop的方法,MapR具有以下几个特点:1)MapR的整个实验过程是在细胞内,并且利用MNase对核酸序列进行切割,能够检测到一些相对弱的或是瞬时形成的R-loop;2)MapR不依赖S9.6抗体,不需要构建稳定表达RNaseH的细胞系,整个实验过程只需要一天时间...
通过使用核酸酶P1、T5外切酶和λ外切酶分别消化单链RNA(ssRNA)、单链DNA(ssDNA)和双链DNA(dsDNA),同时保留RNA:DNA杂交体,RIAN-seq在识别R-loop的位置和大小方面达到了前所未有的精确度,检测到的R-loop数量比现有方法高出一个数量级。大约50%的RNA:DNA杂交体长度在60到130 bp之间,许多形成了以前无法检测到的簇...
通过与其他R-Loop定位方法比较发现,R-Loop CUT&Tag不仅能捕获到更加强烈R-Loop信号,而且能捕获到基因间区域和增强子上的瞬时R-Loop信号。该研究进一步引入了随机片段化基因组技术,改良了之前DRIPc-seq方法在片段化过程中的偏好性问题,...
这项研究以模式植物拟南芥为材料,在传统R-loop全基因组检测技术基础上开发出一种全新的检测方法:基于单链DNA建库的DNA:RNA杂合链免疫共沉淀及高通量测序技术(简称ssDRIP-seq, single-strand DNA ligation-based library construction of DNA:RNA hybrid immunoprecipitation and sequencing)。 基于单链DNA建库的ssDRIP-s...
1.1 基因组单位点R-loop检测方法 目前已经开发出多种方案检测体内R-loop, 按检 测规模可分为单个位点检测和全基因组高通量检测. 其中, 体内R-loop的单位点检测主要借助重亚硫酸盐 (sodium bisulfite)或限制性内切酶处理基因组, 再结合 PCR技术, 可特异表征某一位点是否具有R-loop结构. 例如, R-loop ...
CellReports|一种更精确高效检测Rloop的方法R-loop是生物体在转录过程中形成的特殊的三链核酸结构,转录过程中新合成的RNA链与模板DNA链互补配对,形成的DNA:RNA杂合双链与非模板DNA链一起被称为R-loop【1】。R-loop在生物体内普遍存在,并参与了许多生物学过程,例如转录过程、DNA复制、基因组不稳定性以及染色体重排...
R-Loop是一种特殊的三链核酸结构,是转录过程中新生的RNA链侵入DNA双链导致形成DNA-RNA杂交双链和一条游离的DNA单链。过去R-Loop被认为是转录过程形成的“副产物”,但是越来越多的证据显示R-Loop不仅广泛存在于原核和真核生物中,也参与了转录调控,基因组稳定性等生物功能,并与多种人类疾病相关。
目前,主要有两种检测R-loop基因组定位的方法。第一种方法依赖于S9.6抗体,S9.6能够识别DNA:RNA杂合双链,这类方法包括DNA:RNA immunoprecipitation (DRIP),以及基于DRIP的改进的方法:bis-DRIP,S1-DRIP和RDIP【7-10】。这类方法应用比较广泛,但实验操作比较剧烈,会损伤一些相对弱的R-loop,并且研究发现S9.6能够结合双...
Mapping R-loops (MapR)是一种依赖于RNaseH,并结合CUT&RUN【12,13】技术来检测基因组中R-loop的方法。在MapR中,失去了催化功能的RNaseH能够结合R-loop,进而利用融合蛋白中的微球菌核酸酶MNase对核酸链进行切割,释放包含有R-loop结构的核酸序列。MapR过程如下图所示,首先将细胞结合到concanavalin A beads上(step...
Mapping R-loops (MapR)是一种依赖于RNaseH,并结合CUT&RUN【12,13】技术来检测基因组中R-loop的方法。在MapR中,失去了催化功能的RNaseH能够结合R-loop,进而利用融合蛋白中的微球菌核酸酶MNase对核酸链进行切割,释放包含有R-loop结构的核酸序列。MapR过程如下图所示,首先将细胞结合到concanavalin A beads上(step...