相对于其它检测R-loop的方法,MapR具有以下几个特点:1)MapR的整个实验过程是在细胞内,并且利用MNase对核酸序列进行切割,能够检测到一些相对弱的或是瞬时形成的R-loop;2)MapR不依赖S9.6抗体,不需要构建稳定表达RNaseH的细胞系,整个实验过程只需要一天时间...
通过与其他R-Loop定位方法比较发现,R-Loop CUT&Tag不仅能捕获到更加强烈R-Loop信号,而且能捕获到基因间区域和增强子上的瞬时R-Loop信号。该研究进一步引入了随机片段化基因组技术,改良了之前DRIPc-seq方法在片段化过程中的偏好性问题,...
在众多生物体中发挥着重要的生物学功能.生物体内有众多调控因子通过调节R-loop的稳态来影响各水平的基因组调控事件,如转录,复制,DNA损伤及修复等.近年来,随着R-loop的检测技术日益成熟,越来越多的R-loop生物学新功能正在被发现.本文归纳比较了不同的R-loop检测方法,并对植物R-loop生物学功能研究进展进行了重点阐述...
CellReports|一种更精确高效检测Rloop的方法R-loop是生物体在转录过程中形成的特殊的三链核酸结构,转录过程中新合成的RNA链与模板DNA链互补配对,形成的DNA:RNA杂合双链与非模板DNA链一起被称为R-loop【1】。R-loop在生物体内普遍存在,并参与了许多生物学过程,例如转录过程、DNA复制、基因组不稳定性以及染色体重排...
来自清华大学生科院,清华-北大生命科学联合中心的研究人员发表了题为“The R-loop is a common chromatin feature of the Arabidopsis genome”的文章,首次报道了精准、高效、高通量检测R-loop的方法,并利用此方法首次揭示模式植物拟南芥基因组中R-loop的分布特征。
R-Loop是一种特殊的三链核酸结构,是转录过程中新生的RNA链侵入DNA双链导致形成DNA-RNA杂交双链和一条游离的DNA单链。过去R-Loop被认为是转录过程形成的“副产物”,但是越来越多的证据显示R-Loop不仅广泛存在于原核和真核生物中,也参与了转录调控,基因组稳定性等生物功能,并与多种人类疾病相关。
目前,主要有两种检测R-loop基因组定位的方法。第一种方法依赖于S9.6抗体,S9.6能够识别DNA:RNA杂合双链,这类方法包括DNA:RNA immunoprecipitation (DRIP),以及基于DRIP的改进的方法:bis-DRIP,S1-DRIP和RDIP【7-10】。这类方法应用比较广泛,但实验操作比较剧烈,会损伤一些相对弱的R-loop,并且研究发现S9.6能够结合双...
目前,主要有两种检测R-loop基因组定位的方法。第一种方法依赖于S9.6抗体,S9.6能够识别DNA:RNA杂合双链,这类方法包括DNA:RNA immunoprecipitation (DRIP),以及基于DRIP的改进的方法:bis-DRIP,S1-DRIP和RDIP【7-10】。这类方法应用比较广泛,但实验操作比较剧烈,会损伤一些相对弱的R-loop,并且研究发现S9.6能够结合双...
Mapping R-loops (MapR)是一种依赖于RNaseH,并结合CUT&RUN【12,13】技术来检测基因组中R-loop的方法。在MapR中,失去了催化功能的RNaseH能够结合R-loop,进而利用融合蛋白中的微球菌核酸酶MNase对核酸链进行切割,释放包含有R-loop结构的核酸序列。MapR过程如下图所示,首先将细胞结合到concanavalin A beads上(step...
目前,主要有两种检测R-loop基因组定位的方法。第一种方法依赖于S9.6抗体,S9.6能够识别DNA:RNA杂合双链,这类方法包括DNA:RNA immunoprecipitation (DRIP),以及基于DRIP的改进的方法:bis-DRIP,S1-DRIP和RDIP【7-10】。这类方法应用比较广泛,但实验操作比较剧烈,会损伤一些相对弱的R-loop,并且研究发现S9.6能够结合双...