相比传统的DRIP-seq技术,R-loop CUT&Tag大幅简化了流程，它无需交联、超声、免疫沉淀、加接头建库等复杂步骤，细胞量要求少，peak富集好，背景低，适用于研究者快速高效的获得细胞内R-loop分布位点，丰富基因转录的表观调控机制。那么R-loop CUT&Tag的实验怎么做呢？R-loop CUT&Tag实验指南 R-loop CUT&Tag实验...
相比于传统的全基因组测序,R-loop高通量脱靶检测省时省力,经济实惠,可用于规模化的评估和筛选。 1 R-loop脱靶检测实验原理 利用CBE作用于单链DNA的特性,通过nSaCas9在编辑靶点外的基因组区段诱导R-loop,从而人为制造单链DNA(ssDNA)区域,可放大CBE...
而R-loop CUT&Tag实验,建议额外增加一种阴性对照:先加入RNase H或RNase A消化R-loop中的RNA链,此时R-loop的丰度大幅减少或消失,再加入一抗S9.6,则S9.6抗体的结合减少或不能结合,信号相比阳性样本减少或消失,从而发挥了阴性对照的作用,以此说明阳性信号的真实性。部分高GC的DNA-RNA杂交体对RNase H具有抗性,因此...
有了特异性的抗体,研究者便想到可以使用CUT&Tag的方法来获得R-loop的分布位点,R-loop CUT&Tag技术由武汉大学梁凯威/房萍萍课题组于2021年2月首次发表在Science Advances杂志上[3]。 相比传统的DRIP-seq技术,R-loop CUT&Tag大幅简化了流程,它无需交联、超声、免疫沉淀、加接头建库等复杂步骤,细胞量要求少,peak富...
清华大学生命学院孙前文实验室博士后刘坤朋博士为论文的第一作者,孙前文研究员为通讯作者。该工作得到国家自然科学基金委、科技部国家重点研发计划以及生命科学联合中心等经费的支持。 本研究是继报道一种精准、广谱、高效的全基因组R-loop检测新方法(Nature Plants 2017)、绘制拟南芥不同发育时期及环境刺激下的全基因组R...
设计实验验证R-loops在DNA损伤和癌症发病中的确切机制,可以通过细胞系的实验或小鼠模型。 在研究计划中明确实验方法,例如使用免疫沉淀技术检测R-loops的形成,以及通过RNA-Seq等技术研究与R-loops相关的基因表达变化。 02/DICER在RNA干扰途径中的作用 探讨DICER在RNA干扰途径中的关键作用,尤其是对抗外源双链RNA的作用,...
主要步骤包括将细胞与ConA beads结合、细胞膜打孔、孵育一抗和二抗、加pA/G-Tn5、清洗后进行转座、及回收片段化的产物进行扩增。不过,需要注意的是,在阴性对照设置上,R-loop CUT&Tag实验建议增加使用RNaseH或RNaseA消化R-loop中的RNA链的步骤,这一操作能显著减少或消失R-loop的丰度,进一步验证信号的真实性。
清华大学生命学院孙前文实验室博士后刘坤朋博士为论文的第一作者，孙前文研究员为通讯作者。该工作得到国家自然科学基金委、科技部国家重点研发计划以及生命科学联合中心等经费的支持。本研究是孙前文研究组继报道一种精准、广谱、高效的全基因组R-loop检测新方法（Nature Plants 2017）、绘制拟南芥不同发育时期及环境刺激下...
rloop实验原理是指通过运用磁悬浮技术来实现高速列车的悬浮运行,从而达到快速、安全、高效的交通运输目的。该技术主要是基于利用磁力场产生的强磁力来使列车浮于轨道上,同时通过控制磁力场的变化来实现列车的加速、减速、转向等动作。此外,rloop实验还可以结合其他现代技术,如电子控制系统、智能传感器等,以实现列车的自动...
清华大学生命学院孙前文实验室长期致力于R-loop生物学功能研究和检测技术的开发与优化。目前,该实验室围绕方法开发及R-loop参与植物基因组调控和稳定性维持等的机制和生物学意义进行了一列系列研究(Sun et al., 2013; Shafiq et al.,...