DRIPc-Seq(DNA:RNA immunoprecipitation followed by cDNA conversion coupled to high throughput sequencing)是一种基于抗体富集,RNA反转录链建库的“DNA:RNA杂合链免疫共沉淀及高通量测序技术”,利用针对R-Loop结构中的RNA链反转录进行建库测序,能够在全基因组范围内检测R-Loop结构中的RNA链;针对长链mRNA、LncRNA及c...
DRIPc-Seq(DNA:RNAimmunoprecipitation followed bycDNA conversion coupled to high throughput sequencing)是一种基于抗体富集,RNA反转录链建库的“DNA:RNA杂合链免疫共沉淀及高通量测序技术”,利用针对R-Loop结构中的RNA链反转录进行建库测序,能够在全基因组范围内检测R-Loop结构中的RNA链;针对长链mRNA、LncRNA及circR...
相比于传统的全基因组测序,R-loop高通量脱靶检测省时省力,经济实惠,可用于规模化的评估和筛选。 1 R-loop脱靶检测实验原理 利用CBE作用于单链DNA的特性,通过nSaCas9在编辑靶点外的基因组区段诱导R-loop,从而人为制造单链DNA(ssDNA)区域,可放大CBE...
相对于其它检测R-loop的方法,MapR具有以下几个特点:1)MapR的整个实验过程是在细胞内,并且利用MNase对核酸序列进行切割,能够检测到一些相对弱的或是瞬时形成的R-loop;2)MapR不依赖S9.6抗体,不需要构建稳定表达RNaseH的细胞系,整个实验过程只需要一天时间,并且适用于不同的细胞类型;3)MapR技术也可以在少量细胞有效...
目前,主要有两种检测R-loop基因组定位的方法。第一种方法依赖于S9.6抗体,S9.6能够识别DNA:RNA杂合双链,这类方法包括DNA:RNA immunoprecipitation(DRIP),以及基于DRIP的改进的方法:bis-DRIP,S1-DRIP和RDIP【7-10】。这类方法应用比较广泛,但实验操作比较...
目前检测R-loop位点的实验方法主要有DRIP-seq、DRIPc-seq、R-ChIP、MapR、R-loop CUT&Tag等 。 随着CUT&Tag逐步取代CUT&RUN及ChIP-seq之势,基于MapR技术基础上利用Tn5酶对R-loop进行检测的R-loop CUT&Tag技术,成为研究R-loop的主流技术之一。 R-loop CUT&Tag实验流程[7] ...
R-loop 积累是包含未甲基化 CpG 岛的启动子的一个特征,这些启动子的序列同时也具有 GC 偏倚的特点 [1]。全基因组范围的检测显示,R-loops 在 DNA 甲基化降低和 DNA 酶超敏性 (与染色质可及性相关) 增加的位点上富集 [2]。R-loops 可以通过阻止 DNA (胞嘧啶) 甲基转移酶 (DNMTs)[3,4] 与 DNA 的结...
R-Loop是一种特殊的三链核酸结构,是转录过程中新生的RNA链侵入DNA双链导致形成DNA-RNA杂交双链和一条游离的DNA单链。过去R-Loop被认为是转录过程形成的“副产物”,但是越来越多的证据显示R-Loop不仅广泛存在于原核和真核生物中,也参与了转录调控,基因组稳定性等生物功能,并与多种人类疾病相关。
随着能特异性识别R-loop的S9.6抗体出现,R-loop的研究方法也得到了更好的改进。S9.6抗体不依赖于序列而能和R-loop结合,因此利用该抗体可以对R-loop进行免疫荧光检测、提取基因组后进行dotblot检测,还可以用S9.6做免疫沉淀,再进行qPCR分析和全基因组测序,此方法也叫做DNA∶RNA免疫沉淀测序技术(DNA∶RNA hybrid ...
DRIP-seq(DNA:RNA hybrid immunoprecipitation and sequencing)利用特异性识别DNA:RNA杂合链的S9.6抗体对包含R-loop结构的 DNA 链进行富集,后续通过DNA测序来实现 R-loop分析,侧重于通过NGS在基因组水平上检测R-loops结构的分布,并通过生物信息学分析在不同的领域从中挖掘出更多有用的信息。