DRIPc-Seq(DNA:RNA immunoprecipitation followed by cDNA conversion coupled to high throughput sequencing)是一种基于抗体富集,RNA反转录链建库的“DNA:RNA杂合链免疫共沉淀及高通量测序技术”,利用针对R-Loop结构中的RNA链反转录进行建库测序,能够在全基因组范围内检测R-Loop结构中的RNA链;针对长链mRNA、LncRNA及c...
ssDRIP技术简介: ssDRIP(single-strand DNA ligation-based library construction ofDNA:RNA hybridimmunoprecipitation and sequencing)是一种基于抗体富集,单链DNA建库的“DNA:RNA杂合链免疫共沉淀及高通量测序技术”利用针对R-Loop结构中的ssDNA链建库测序,能够在全基因组范围内检测R-Loop结构中的DNA链,设置RNase H文...
相比于传统的全基因组测序,R-loop高通量脱靶检测省时省力,经济实惠,可用于规模化的评估和筛选。 1 R-loop脱靶检测实验原理 利用CBE作用于单链DNA的特性,通过nSaCas9在编辑靶点外的基因组区段诱导R-loop,从而人为制造单链DNA(ssDNA)区域,可放大CBE...
这类方法包括DNA:RNA in vitro enrichment(DRIVE)【8】和R-loop chromatin immunoprecipitation(R-ChIP)【11】。R-ChIP需要首先获得稳定表达RNaseH的细胞系,这在很多疾病细胞中并不容易获得,因此解决这些问题并开发精确高效的R-loop检测方法非常重要。 近日...
R-Loop是一种特殊的三链核酸结构,是转录过程中新生的RNA链侵入DNA双链导致形成DNA-RNA杂交双链和一条游离的DNA单链。过去R-Loop被认为是转录过程形成的“副产物”,但是越来越多的证据显示R-Loop不仅广泛存在于原核和真核生物中,也参与了转录调控,基因组稳定性等生物功能,并与多种人类疾病相关。
与已报道的全基因组 r -loop 检测方法相比,ssdrip-seq 表现出易操作、精准、高效、高度灵敏、可重复性好等优点,并且可获得 dna 链特异性信息。基于 ssdrip-seq,该研究获得了拟南芥全基因组水平 r -loop 的精准分布特征,如 r -loop 在拟南芥基因组中分布广泛且相对稳定,与基因表达、dna 甲基化、染色质修饰、...
表示LSR是否支持环路检测。 1:无。表示该LSR不支持环路检测。 2:其他。表示需要通过其他方式支持环路检测(除了下面的几种方式)。 3:跳数。表示以最大跳数方式进行环路检测。 4:路径向量。表示以路径向量方式进行环路检测。 5:路径向量和跳数。表示同时支持以路径向量和最大跳数方式进行环路检测。
QinQ终结子接口上配置的发送VPLS环路检测报文的外层VLAN ID。 取值为:通过loop-detect detection pe-vid ce-vid命令配置的外层VLAN值。 InnerVlan Dot1q/QinQ终结子接口上配置的发送VPLS环路检测报文的内层VLAN范围。 取值为:通过loop-detect detection pe-vid ce-vid命令或loop-detectdetection vid命令配置的内层VLAN...
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在全基因组范围内检测R-Loop结构中的DNA链; RNase H文库,排除基因组DNA的干扰 链特异性的检测 案例解读一:R环与免疫应答 主题:源于 R 环的细胞质 RNA-DNA 杂交体能激活免疫反应 原文:R-loop-derived cytoplasmic RNA–DNA hybrids activate an immune response ...