ssDRIP技术简介: ssDRIP(single-strand DNA ligation-based library construction ofDNA:RNA hybridimmunoprecipitation and sequencing)是一种基于抗体富集,单链DNA建库的“DNA:RNA杂合链免疫共沉淀及高通量测序技术”利用针对R-Loop结构中的ssDNA链建库测序,能够在全基因组范围内检测R-Loop结构中的DNA链,设置RNase H文...
DRIPc-Seq(DNA:RNA immunoprecipitation followed by cDNA conversion coupled to high throughput sequencing)是一种基于抗体富集,RNA反转录链建库的“DNA:RNA杂合链免疫共沉淀及高通量测序技术”,利用针对R-Loop结构中的RNA链反转录进行建库测序,能够在全基因组范围内检测R-Loop结构中的RNA链;针对长链mRNA、LncRNA及c...
相比于传统的全基因组测序,R-loop高通量脱靶检测省时省力,经济实惠,可用于规模化的评估和筛选。 1 R-loop脱靶检测实验原理 利用CBE作用于单链DNA的特性,通过nSaCas9在编辑靶点外的基因组区段诱导R-loop,从而人为制造单链DNA(ssDNA)区域,可放大CBE...
R-loop的形成与转录过程密不可分,所以其水平也受转录的调控,很多研究表明Pol II在DNA上的暂停(pausing)会诱导R-loop的产生。在分布方面,基因密度高的转录活跃的基因上通常可以检测到更多的R-loop;反之,基因密度较低的区域上R-loop则较少。一些拓扑异构酶、核酸酶、解旋酶、RNA加工因子以及核糖核酸酶RNase H1和RN...
目前,主要有两种检测R-loop基因组定位的方法。第一种方法依赖于S9.6抗体,S9.6能够识别DNA:RNA杂合双链,这类方法包括DNA:RNA immunoprecipitation(DRIP),以及基于DRIP的改进的方法:bis-DRIP,S1-DRIP和RDIP【7-10】。这类方法应用比较广泛,但实验操作比较...
与已报道的全基因组R-loop检测方法相比,ssDRIP-seq表现出易操作、精准、高效、高度灵敏、可重复性好等优点,并且可获得DNA链特异性信息。基于ssDRIP-seq,该研究获得了拟南芥全基因组水平R-loop的精准分布特征,如R-loop在拟南芥基因组中分布广泛且相对稳定,与基因表达、DNA甲基化、染色质修饰、GC/AT skew等存在着...
由于转录过程中Pol II暂停会导致R-loop积累,他们用抗DNA/RNA杂合双链抗体S9.6进行染色质免疫共沉淀,证明了RAD52与R-loop有关。同时通过RNA干扰实验结合S9.6抗体免疫荧光检测发现,敲减RAD52会导致R-loop积累显著增加。 图1. RAD52与R-loop相关联,RAD52缺失后R-loop积累增加...
在Switch的接口GE1/0/0和GE2/0/0上分别启用Loop Detection功能,实现对VLAN 10～20的环路检测。 在接口GE1/0/0和GE2/0/0上分别配置Loop Detection处理动作和恢复时间,实现Switch在检测到环路后能及时将接口置于受控状态,以防止出现网络风暴,并在环路消失后及时将受控接口恢复到正常状态。
执行命令loop-detection mode{port-trap|port-blocking|port-nolearning|port-shutdown|port-quitvlan},配置Loop Detection检测到环路时对接口的处理模式。 缺省情况下,Loop Detection检测到环路时对接口的处理动作为关闭接口。 当设备的网络侧接口发生环路时,接口如果配置为Block或Shutdown动作,会导致设备上的业务全部中...
loopback-detect action命令用来配置接口的环回检测处理动作。 undo loopback-detect action命令用来恢复接口的缺省环回检测处理动作。 缺省情况下,接口发生环路时,处理动作为系统视图下loopback-detect action命令的配置。 命令格式 loopback-detect action { alarm | error-down | block } undo loopback-detect action...