第二代功能富集分析方法则可以很好弥补第一代方法的不足,最有代表性的方法就是GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)的方法。以GSEA为例,分析也可以分为两步: (a)利用某个指标(例如差异倍数)对所有基因进行排序(而不是用固定阈值筛选)。 (b)判断某个通路的基因在所有的排序中是否更为靠前(或靠后),来证明实验...
2,将所需数据从GEO数据库下载之后,如何将数据导入R语言中?3,采用R语言进行差异基因表达分析时需要用...
8.分完组之后,点击下方的Analyze,进行数据分析。 9.数据分析完之后,页面会自动跳转到基因表达的界面,从界面我们可以看出来,里面有不同基因的表达量,基因的名称等信息。 10.选择Profile graph这一栏,在搜索框里输入你想搜索的目的基因,比如我这里搜索的PCF11这个基因,然后点击Set进行检索。 10.点击之后,页面就会出现...
2,将所需数据从GEO数据库下载之后,如何将数据导入R语言中?3,采用R语言进行差异基因表达分析时需要用...
生物信息学对于医药学生来说是必不可少的一项科研工具,但是繁重的科研压力让学生已经不堪重负,根本没有太多时间专门去学习R语言再去分析RNAseq数据,因此今天给大家分享一个简单容易上手的在线分析工具-GEO2R。 下面跟随小编的脚步一起学习吧! 1.网页打开PUBMED,点进官网后选择下拉栏里面的GEO DataSets选项 ...