1.DESeq2 DESeq2是目前最常用的差异分析R包。除了可以导入counts外,如果上游使用salmon,DESeq2官方还给出了直接导入tximport生成的txi对象的方法。counts与txi的获取见RNA-seq入门实战(三):在R里面整理表达量counts矩阵和RNA-seq入门实战(二):上游数据的比对计数——Hisat2+ featureCounts 与 Salmon 代码语言:javasc...
今天来给大家介绍一个集RNA-Seq的下游可视化和通路分析于一体的新生代R包,即RVA包。 RVA包,RNAseq Visualization Automation,最初发表于GitHub上,于2020年12月被CRAN收录发表;它可以快速地对差异分析结果进行汇总和可视化,并能在一定程度上评估相关基因集或通路的富集情况。 1.R包安装与数据准备 1.1 R包的安装 由...
RNA-seq入门实战(零):RNA-seq流程前的准备——Linux与R的环境创建 RNA-seq入门实战(一):上游数据下载、格式转化和质控清洗 RNA-seq入门实战(二):上游数据的比对计数——Hisat2+ featureCounts 与 Salmon RNA-seq入门实战(三):从featureCounts与Salmon输出文件获取counts矩阵 RNA-seq入门实战(四):差异分析前的准备...
差异基因表达分析是一种常见的生信分析方法,是每个生信人都必须掌握的技术,本文将使用R语言演示如何利用limma包分析TCGA的RNA基因表达矩阵。 首先,准备好所需的数据,如下图所示,基因表达数据为一个包含样品与基因的矩阵。 首先,打开R之后先加载所需的R包。其中,limma是差异基因表达分析的一个常用R包,ggplot2和ggrep...
承接上节RNA-seq入门实战(三):在R里面整理表达量counts矩阵和RNA-seq入门实战(二):上游数据的比对计数——Hisat2+ featureCounts 与 Salmon 在进行差异分析前需要进行数据检查,保证我们的下游分析是有意义的。 以下展示了样本hclust 图、距离热图、PCA图、前500差异性大的基因热图、相关性热图(选取了500高表达基因...
分子生物学核糖核酸(RNA)基因组学非编码RNA生物信息学转录组 写下你的评论... 暂无评论相关推荐 55:29 由浅入深以十层理解:带你深度解析原子以及物质的本质! 科普视界 · 773 次播放 2:55 拟态章鱼模仿其他动物,到底能有多像? Word麻鸭 · 3.2 万次播放 16:09 人为什么要以负熵为生?“熵增定律”又为何让...
核糖核酸(RNA)生物信息学Linux基因组学分子生物学转录组 写下你的评论... 暂无评论相关推荐 36:45 中国巨石为何动辄万吨起步?这与大禹治水和鲧盗息壤有关吗……|自说自话的总裁 自说自话的总裁 · 5361 次播放 3:15 笑死,哈工大做的机器人参加国际机器人格斗大赛,拿下国际大奖 元元· 8.1 万次播放 20:32...
生信入门第八课:RNA-seq比对、定量和差异分析 微生信助力高分文章,用户220000+,谷歌学术4500+
入门生信之RNA-seq转录组流程之差异表达分析 上文已详细介绍有参RNASeq上游分析，接下来着重介绍差异表达分析及其常用可视化方法，推荐使用R进行操作。通过载入表达矩阵并设置分组信息，使用DEseq2或edgeR进行差异分析。基本目标是识别显著差异的基因。一、差异表达分析详解 差异表达分析旨在评估两组数据间的差异...
RNA-seq数据分析入门流程指南 这个教程旨在帮助初学者理解并掌握植物RNA-seq的完整分析流程。一、数据获取与转换首先，可以从SRA数据库获取测序数据。具体步骤如下：利用SRA Toolkit获取数据，通过命令行执行：`conda install sra-tools`批量下载数据，例如`for i in `seq 2085 2181`;do nohup prefetch ...