本节概览:1.获取DEG结果的上下调差异基因2.bitr()函数转化基因名为entrez ID3.利用clusterProfiler进行KEGG与GO富集4.用enrichplot进行富集结果可视化:pathview goplot barplot dotplot cnetplot emapplot treeplot heatplot upsetplot 1. 获取DEG结果的上下调差异基因 载入上节RNA-seq入门的简单实战(五)中保存的三...
3. 利用clusterProfiler进行KEGG与GO富集 4. 用enrichplot进行富集结果可视化:pathviewgoplotbarplotdotplotcnetplotemapplottreeplot heatplot upsetplot 承接上期文章:RNA-seq入门实战(五):差异分析——DESeq2 edgeR limma的使用与比较,一下介绍用差异基因进行GO、KEGG富集分析与enrichplot可视化 1. 获取DEG结果的上下...
载入上节RNA-seq入门的简单实战(五)中保存的三种差异分析结果数据,这里示范选取DESeq2的结果数据,进行筛选条件设置后获取上下调基因名 rm(list=ls())options(stringsAsFactors=F)library(clusterProfiler)library(enrichplot)library(tidyverse)#library(org.Hs.eg.db)library(org.Mm.eg.db)library(DOSE)library(pathvie...
用于进行基因富集分析的通路的信息,包含通路名称和组成通路的基因,储存在一些数据库中比如KEGG、GO。我们分别介绍: KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是一个包含生物系统功能和信息的数据库资源,提供了关于基因组、化学物质、代谢途径、疾病和药物等方面的信息。KEGG数据库涵盖了多个生物学领域,包括基因组学...
题目:对筛选得到的差异基因做KEGG富集分析。 目的:富集分析给定的基因集对哪些功能的影响有针对性的,不是随机影响的。 内容:1. 将筛选出的基因集导入网页,就可以得到结果。 数据:DEseq2差异分析得到的差异基因列表。 工具:KOBAS (pku.edu.cn) 步骤:
15.GO富集分析 速科生物-光俊 302 1 【细胞消化&传代】实操详解|超详细教学|注意事项,细胞培养,胰蛋白酶消化液的选择 福州载基生物 334 0 10分钟讲解:蛋白质与DNA的相互联系 医升菌 597 0 全网最细致教你细胞(第一集):细胞传代(真实实验情况下) 医学车厘子cherry 3725 9 ...
KEGG是包含生物途径信息的数据库，涵盖了基因组、代谢途径、疾病和药物等多个领域。GO则提供基因功能分类，包括分子功能、生物过程和细胞组件。在R中，可通过DESeq2进行差异分析，Profilercluster包的enrichKEGG()函数可以实现KEGG富集分析，而GO富集分析则需要调整ont参数。GSEA则更注重基因表达数据的整体模式...
RNA-seq中,对差异表达基因进行KEGG富集分析,可以通过散点图展示。此图中,KEGG富集程度通过Rich factor、qvalue和富集到此通路上的基因个数来衡量。 横坐标是Rich factor,数值越大表示富集程度越大。Rich factor=位于该pathway term下的差异表达基因数/位于该pathway term...
单细胞RNA-seq分析教程【一】测序原理 Timo的生信笔记 6116 0 04:54 KEGG之代谢通路分析 博莱克代谢组学 2.2万 2 01:17 RNA-seq数据分析:从差异基因到关键基因的进一步筛选 贝纳基因 713 0 14:12 火山图、热图怎么做?教你5分钟速成差异基因分析 善木科研 1.4万 0 1:51:09 RNA-Seq入门 生信...
GO，KEGG富集是定性的分析，GSEA考虑到了表达或其它度量水平的值的影响。GSEA分析不需要指定阈值（p值或FDR）来筛选差异基因，在没有经验存在的情况下分析我们感兴趣的基因集，而这个基因集不一定是显著差异表达的基因。GSEA分析可以将那些GO/KEGG富集分信息中容易遗漏掉的差异表达不显著却有着重要生物学...