3. 利用clusterProfiler进行KEGG与GO富集 4. 用enrichplot进行富集结果可视化:pathview goplot barplot dotplot cnetplot emapplot treeplot heatplot upsetplot 承接上期文章:RNA-seq入门实战(五):差异分析——DESeq2 edgeR limma的使用与比较,一下介绍用差异基因进行GO、KEGG富集分析与enrichplot可视化 1. 获取DEG结...
本节概览:1.获取DEG结果的上下调差异基因2.bitr()函数转化基因名为entrez ID3.利用clusterProfiler进行KEGG与GO富集4.用enrichplot进行富集结果可视化:pathview goplot barplot dotplot cnetplot emapplot treeplot heatplot upsetplot 1. 获取DEG结果的上下调差异基因 载入上节RNA-seq入门的简单实战(五)中保存的三...
载入上节RNA-seq入门的简单实战(五)中保存的三种差异分析结果数据,这里示范选取DESeq2的结果数据,进行筛选条件设置后获取上下调基因名 rm(list=ls())options(stringsAsFactors=F)library(clusterProfiler)library(enrichplot)library(tidyverse)#library(org.Hs.eg.db)library(org.Mm.eg.db)library(DOSE)library(pathvie...
本节概览:1.获取DEG结果的上下调差异基因2.bitr()函数转化基因名为entrez ID3.利用clusterProfiler进行KEGG与GO富集4.用enrichplot进行富集结果可视化:pathview goplot barplot dotplot cnetplot emapplot treeplot heatplot upsetplot 1. 获取DEG结果的上下调差异基因 载入上节RNA-seq入门的简单实战(五)中保存的三...
题目:对筛选得到的差异基因做KEGG富集分析。 目的:富集分析给定的基因集对哪些功能的影响有针对性的,不是随机影响的。 内容:1. 将筛选出的基因集导入网页,就可以得到结果。 数据:DEseq2差异分析得到的差异基因列表。 工具:KOBAS (pku.edu.cn) 步骤:
用于进行基因富集分析的通路的信息,包含通路名称和组成通路的基因,储存在一些数据库中比如KEGG、GO。我们分别介绍: KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是一个包含生物系统功能和信息的数据库资源,提供了关于基因组、化学物质、代谢途径、疾病和药物等方面的信息。KEGG数据库涵盖了多个生物学领域,包括基因组学...
RNA-seq中,对差异表达基因进行KEGG富集分析,可以通过散点图展示。此图中,KEGG富集程度通过Rich factor、qvalue和富集到此通路上的基因个数来衡量。 横坐标是Rich factor,数值越大表示富集程度越大。Rich factor=位于该pathway term下的差异表达基因数/位于该pathway term...
RNA-seq中,对差异表达基因进行KEGG富集分析,可以通过散点图展示。此图中,KEGG富集程度通过Rich factor、qvalue和富集到此通路上的基因个数来衡量。 横坐标是Rich factor,数值越大表示富集程度越大。Rich factor=位于该pathway term下的差异表达基因数/位于该pathway term下的所有有注释基因数。
生信富集分析,GO(BP,MF,CC),KEGG,功能富集分析的基因功能数据库及软件,生物信息 9.3万播放 如何在Rna-Seq转录组数据Kegg通路中找到感兴趣的基因 4919播放 KEGG通路图:基因logFC通路图标记自定义颜色简单实现(R语言) 8923播放 保姆级教程《手把手教你KEGG富集分析实操教学,信号通路不再苦恼》 ...
RNA-seq中,对差异表达基因进行KEGG富集分析,可以通过散点图展示。此图中,KEGG富集程度通过Rich factor、qvalue和富集到此通路上的基因个数来衡量。 横坐标是Rich factor,数值越大表示富集程度越大。Rich factor=位于该pathway term下的差异表达基因数/位于该pathway term下的所有有注释基因数。