scRNAseq 的分析流程包括数据预处理、处理和扩展下游分析(图 4),其中数据预处理包括质控、read 比对和表达量化;数据处理包括标准化、批次效应校正、归一化、特征选择(HVG 选择)、降维与聚类、细胞分型注释、差异表达分析(DEGs)、可视化;扩展下游分析包括拟时序、细胞间相互作用(CCI)、通路富集分析、基因调控网络(GRN)...
编程语言方面,R语言占据首要位置,其次是Python,再其后是 C++、MATLAB 以及其他语言。 工具按其功能的分类,有数据获取、数据清洗、细胞分类、基因鉴定、多功能以及其他。可以看到,在这些类别中,定量、整合、聚类和数据可视化工具占的比例较大。 单细胞转录组分析工具的趋势 图2 scRNA-seq分析工具的趋势 越来越多的工具...
RNA速率有三个内容。第一是Linux中上游操作获得Spliced/unspliced矩阵,这一步没有难度,但是比较费时间,比较费内存,建议在服务器上完成。第二部分是结合第一步的分析和单细胞seurat对象,进行RNA速率计算。 这…
第二节:在实战中进一步提升对r语言的学习,主要以geo的芯片数据下载、整理、分析为主。 第三节:芯片数据分析(主要系统指导如何使用geo数据库画生存曲线,以及无进展、无疾病、多分组的的生存曲线画图,包括热图 火山图 箱线图 小提琴图 ...
DRscDB通过手动策划和标准化文献，整合了多种物种的scRNA-seq数据，并提供了一个用户友好的Web界面，使用户能够轻松地搜索特定基因、查找表达该基因的数据集以及进行细胞类型富集分析。DRscDB的独特之处在于其使用DIOPT工具进行同源基因映射，从而实现了高效的跨物种基因搜索。总体而言，DRscDB为研究人员提供了一个强大的...
RNA velocity可以结合monocle以及其他的拟时分析应用在研究中。当然,方法技术从来不是独立的,相互的使用才能达到更好的效果。RNA velocity的分析不是从单细胞对象mRNA。也就是基因表达水平的分析,他需要分析鉴定出剪 接体和未剪接体。所以,它的分析是从FASTQ开始,实际上常常是从bam文件开始。一般单细胞cellranger流程...
单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 使研究人员能够以细胞分辨率水平研究基因表达。然而,由于扩增和“dropout”事件产生的噪声可能会阻碍下游分析,因此需要针对越来越数量庞大却稀疏的scRNA-seq数据进行去噪。本文提出了一种深度计数自编码器网络 (DCA) 来去除scRNA-seq数据集的噪声。DCA考虑计数分布、数据的过分散和稀疏性,...
在这些方法中,DART-seq要求的RNA起始量要求是相对比较低的,为10 ng 总RNA,而且可以用于单个细胞中m6A的鉴定。由于DART-seq实验过程需要体外转基因表达APOBEC1-YTH,因此,它不适用于研究体内系统(早期胚胎发育过程)中m6A修饰的分析。 得益于作者在低DNA/细胞起始量ChIP-seq实验方面长期积累的经验,他们开发了适用于低...
RNA velocity的分析不是从单细胞对象mRNA。也就是基因表达水平的分析,他需要分析鉴定出剪 接体和未剪接体。所以,它的分析是从FASTQ开始,实际上常常是从bam文件开始。一般单细胞cellranger流程后,在此基 础上就可进行RNA velocity分析,RNA velocity用到的软件是velocyto。RNA velocity分析的第一步是从终端开始的。
第二十七节:MAGIC 利用流形学习还原单细胞的基因表达【Cell】 零基础系统班(每周2.4晚上7-10点) 第一节:r语言基础学习 包括r和rstudio的安装、环境配置、数据结构等基础内容学习 第二节:在实战中进一步提升对r语言的学习,主要以geo的...