单细胞测序技术(single cell sequencing),简单来说,就是在单个细胞水平上,对基因组、转录组及表观基因组进行测序分析的技术(图1)。 图1.单细胞测序技术 ◆为什么做单细胞转录组测序?◆ 普通转录组(bulk RNA-seq)是生物组织样品中在某个时间对应的所有mRNA转录情况,可以作为组织或者样品某个时刻状态的重要指标。然...
学习交流chenxh412, 视频播放量 5、弹幕量 0、点赞数 0、投硬币枚数 0、收藏人数 0、转发人数 0, 视频作者 几棵艰苦艰苦, 作者简介 ,相关视频:两个月包教包会学单细胞测序、chipseq、RNAseq、Atacseq、R语言医学会员免费学,医学科研临床放射住培特训班--头颈部解剖和病变
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RNA速率有三个内容。第一是Linux中上游操作获得Spliced/unspliced矩阵,这一步没有难度,但是比较费时间,比较费内存,建议在服务器上完成。第二部分是结合第一步的分析和单细胞seurat对象,进行RNA速率计算。 这…
RNA velocity可以结合monocle以及其他的拟时分析应用在研究中。当然,方法技术从来不是独立的,相互的使用才能达到更好的效果。RNA velocity的分析不是从单细胞对象mRNA。也就是基因表达水平的分析,他需要分析鉴定出剪 接体和未剪接体。所以,它的分析是从FASTQ开始,实际上常常是从bam文件开始。一般单细胞cellranger流程...
RNA velocity的分析不是从单细胞对象mRNA。也就是基因表达水平的分析,他需要分析鉴定出剪 接体和未剪接体。所以,它的分析是从FASTQ开始,实际上常常是从bam文件开始。一般单细胞cellranger流程后,在此基 础上就可进行RNA velocity分析,RNA velocity用到的软件是velocyto。RNA velocity分析的第一步是从终端开始的。
生信与基因组学：单细胞RNA测序（scRNA-seq）工作流程解析 1. 单细胞的分离 如何获得单细胞，从而进行...
scRNA-seq使我们能够以单细胞分辨率确定每种mRNA的数量。scRNA-seq的使用在全球范围内传播有两个主要原因。首先,scRNA-seq从基因表达模式的视角阐明了细胞群体的异质性或多样性。其次,scRNA-seq可以预测细胞之间的相互作用和连接,这是传统方法无法轻易确定的。
单细胞108篇文献解读之11---SCENIC: 单细胞RNA-seq数据推断基因调控网络和细... 目前单细胞转录组领域用的比较多的细胞聚类方法大多是直接从基因表达矩阵推断,但是对于多样本合并分析,很多情况下会出现... Seurat_Satija阅读 3,094评论 0赞 15 单细胞RNA-seq入门文献学习 单细胞的RNA-seq我从来没有接触过,所以...
第二十七节:MAGIC 利用流形学习还原单细胞的基因表达【Cell】 零基础系统班(每周二四晚上7-10点) 第一节:r语言基础学习 包括r和rstudio的安装、环境配置、数据结构等基础内容学习 第二节:在实战中进一步提升对r语言的学习,主要以geo...