前文是对多个性状的连锁分析,当我们关注单个性状时,BSA无疑是高性价比的初定位选择,当然,这就意味着我们得做到基因的精细定位与克隆,除去传统图位克隆的方式,转录组,蛋白组,自然群体GWAS,基因组都可助力基因克隆,如果想发高水平的文章,基因的功能探索也是必不可少的。 成功案例二 发表期刊:Plant Biotechnology Jou...
前文是对多个性状的连锁分析,当我们关注单个性状时,BSA无疑是高性价比的初定位选择,当然,这就意味着我们得做到基因的精细定位与克隆,除去传统图位克隆的方式,转录组,蛋白组,自然群体GWAS,基因组都可助力基因克隆,如果想发高水平的文章,基因的功能探索也是必不可少的。 成功案例二 发表期刊:Plant Biotechnology Jou...
本研究利用GWAS和Seletive genotyping为玉米抗病基因的发掘提供有价值的信息,也为提高TSC抗性育种分子标记辅助选择的正常实施提供了方便。同时从该文章中我们也发现了选择基因型分析的优点是性价比高,检测效率更好,适用于性状难以鉴定的样本,但缺点是只能分析一个性状。 二、BSA将极端样本混合进行QTL定位分析 既然上面讲到...
图1的GWAS分析结果表明调控目标性状的QTL位于3号染色体上。且通过对染色体的进一步分析,可以得知QTL所在3号染色体的具体区间。通过GWAS分析确认QTL位于三号染色体的某一具体区间后,可以在这一区间设计maker对其进行fine- mapping,最终找到目标基因。 图1.GWAS 曼哈顿图 BSA(Bulked Segregant Analysis)是利用极端性状进行功...
进一步，采用所建立的polyBSA-seq技术，筛选并获得甘蔗中与叶枯病抗性基因紧密连锁的4个分子标记，有望应用于甘蔗抗叶枯病性的鉴定及其遗传育种领域。研究证明，与传统的遗传谱图或GWAS定位法相比，作者所建立的polyBSA-seq方法，能够简便快捷地应用于同源多倍体物种中重要目标性状连锁标记的筛选，该研究将有助于推进...
基于BSA结合小麦660K SNP芯片分型、并利用AQP标记对所有RIL家系进行基因分型，完成QTL连锁分析；同时结合全基因组关联分析结果，即利用GWAS对411份春小麦种质快速发掘与抗病表型显著关联的SNP位点，鉴定到陕麦155成株期抗条锈病的两个稳定主效QTL位点（图2和图3）。QYrSM155.1被定位到2BL染色体上大小为3.0 cM的...
第五节 BSA 与MutMap 精细定位方法 第 一 天 下午 讲课、 实操 第2 章 连锁不平衡和群体结 构分析 (理论和上机操作) 第一节 自然群体 第二节 连锁不平衡的度量与计算 第三节 群体结构的表示(Q 矩阵与PCA) 及其对GWAS 的影响 第四节 个体间亲缘关系K 矩阵 ...
analysisqtlbsangs-bsabulk-segregant-analysis UpdatedJan 20, 2020 R Mixed models@lme4+ custom covariances + parameter constraints gwasibdfamilycovarianceqtlpedigreerandom-effectskinshiprelatednesslme4variance-covariance UpdatedJan 7, 2021 R Automated statistical and functional fine-mapping pipeline with extensi...
为了解决上述问题,本次学习特别邀请著名数量遗传学专家章老师来给大家授课,讲授在Briefings in Bioinformatics、PLoS Computational Biology、Scientific Reports和Heredity国际知名刊物近期发表的一系列多位点GWAS新方法,即使用LOD=3.0作为QTN显著标准,都能获得高的QTN检测功能并大大降低其假阳性率,特别地,他们还开发了基于...
GWAS阐述并比较了基于遗传连锁图谱,利用集团分离分析或分离群体分组分析(BSA)以及全基因组关联分析(GWAS)等鉴定主要果树重要性状QTL的方法,综述了近年来果实外观品质和内在品质,生长发育,抗生物和非生物胁迫等重要性状的QTL鉴定的研究成果,对QTL鉴定及定位方法策略等问题进行了讨论与展望,以期为果树QTL鉴定研究以及果树...