随着基因测序技术的发展和测序成本的降低,BSA-seq技术成为基因定位的有力工具。孙亚倩等等利用BSA-seq定位到与大豆粒荚性状相关的3个基因,位于19号染色体上。宋夏夏等利用QTL-seq方法定位胡麻株高位点,锁定了候选基因LuCWINV1-1,其属于酸性转化酶中的细胞壁...
分步进行 QTL-seq 分析 1.构建基因组index 2.两组数据分别进行比对 3.变异检测 4.变异过滤 5.变异注释 6.QTL-seq 分析 前五个步骤在前面推文中已经跑过,大家可自行查看,这里只演示第六步 ## 使用qtlseq软件中的qtlplot进行分析 qtlplot \ --vcf all.vcf \ # vcf 文件中样本顺序需要为亲本、混池 1(...
QTL定位BSA-Seq方法遗传群体基因克隆农艺性状分子育种为了利用生物学技术和手段来解决农业问题,让基因组测序技术,转基因及基因编辑等现代分子生物学技术为农业遗传育种服务,实现常规育种与分子设计育种的紧密结合,加速作物精准育种进程,近年颇受学术界关注.现梳理了一些分子生物学专用名词概念,概述了目前在正向遗传学研究中...
作者以水稻生育期(days from sowing to heading,DTH)为例,通过实验展示了BSA-seq在QTL定位上的巨大潜力。 作者以一个长生育期和一个短生育期的水稻品种为亲本构建F3群体,采用双环境(两个不同地点和种植时间)、大群体(每个环境种植7200个F3植株)和大混池(每个DNA池包含大约500个个体)的试验设计进行BSA-seq,利用...
usage: qtlseq -r <FASTA> -p <BAM|FASTQ> -b1 <BAM|FASTQ> -b2 <BAM|FASTQ> -n1 <INT> -n2 <INT> -o <OUT_DIR> [-F <INT>] [-T] [-e <DATABASE>] [--species <NAME>] 这玩意需要准备的数据有几个,第一部分是两个亲本的测序数据,使用的是参数-p输入 两个亲本就输入两次-p ...
本研究利用BSA-seq分析方法和基于SSR构建遗传图谱进行QTL定位分析方法,成功地在水稻品种IR77298-14-1-2::IRGC117374-1中鉴定出一个新的与抗稻曲病相关的候选区间,并预测了该区间的候选基因。这一发现为水稻抗稻曲病育种提供了重要的信息和指导。 本研究的BSA测序和分析由上海派森诺生物科技股份有限公司完成。
QTL-seq 分析 数据准备 亲本、低值混池、高值混池 使用 qtlseq 软件自动进行 qtlseq 分析 分步进行 QTL-seq 分析 1.构建基因组index 2...
近日,《生物技术通报》在线发表了《基于BSA-seq和RNA-seq挖掘水稻株高相关QTL》文章。本研究使用籼稻油占8号和广西普通野生稻构建的CSSL群体以及现代分子生物学技术,对广西普通野生稻进行研究,通过二代测序和混池分析方法,鉴定广西普通野生稻基因组...
研究通过QTL定位和BSA-seq挖掘到控制莲花色的NnMYB5及其靶基因NnGST2,揭示了亚洲莲花瓣颜色形成的调控机制。研究通过红色和白色亚洲莲F2群体的QTL定位,明确了控制亚洲莲花瓣颜色分化的候选基因NnMYB5,并对213个莲种质资源进行基因分型发现包含NnMYB5基因的一个80 kb存在/缺失结构变异(PAV)与花瓣颜色关联。进一步,转...
·研究报告· 生物技术通报 BIOTECHNOLOGY BULLETIN 2023, 39(8):173-184 基于 BSA-seq 和 RNA-seq 挖掘水稻株高相关 QTL 吴元明1 林佳怡1 柳雨汐1 李丹婷2 张宗琼2 郑晓明3,4,5 逄洪波1 (1. 沈阳师范大学生命科学学院,沈阳 110034 ;2. 广西壮族自治区农业科学院水稻研究所 广西...