QTL-seq是一种将Bulked‐segregant analysis (BSA)和高通量测序相结合,快速定位质量性状或数量性状主效QTL的方法[1]。 BSA方法最早使用RLFP或其他分子标记,分别在番茄中鉴定到果实脱落和成熟相关的基因组片段和标记[2],在生菜中鉴定到和抗霜霉病基因连锁的分子标记[3]。 BSA原理1 ...
5. 运行QTL-seq分析 # 进入R环境R# 加载必要的库library(QTLseq)# 导入数据data <- read.table("...
QTL-seq是一种将Bulked‐segregant analysis (BSA)和高通量测序相结合,快速定位质量性状或数量性状主效QTL的方法[1]。 BSA方法最早使用RLFP或其他分子标记,分别在番茄中鉴定到果实脱落和成熟相关的基因组片段和标记[2],在生菜中鉴定到和抗霜霉病基因连锁的分子标记[3]。 BSA原理1 BSA原理2 选取目标性状有差异的...
最近逛Github,发现一个新出的BSA自动化流程,就叫QTL-seq,看起来还蛮简单方便的,所以搞了一下试试。 BSA原理就不多说了,在实际操作中,高、低池子至少得两个,然后就是可以选择测还是不测亲本。这套流程是需要亲本测序数据的,还有一些流程是不需要的,例如DeepBSA、QTLseqr等,所以根据自己试验经费来定就好。个人觉...
BSA-Seq方法遗传群体基因克隆农艺性状分子育种为了利用生物学技术和手段来解决农业问题,让基因组测序技术,转基因及基因编辑等现代分子生物学技术为农业遗传育种服务,实现常规育种与分子设计育种的紧密结合,加速作物精准育种进程,近年颇受学术界关注.现梳理了一些分子生物学专用名词概念,概述了目前在正向遗传学研究中如何利用...
BSA(Bulked Segregant Analysis),又称混合分组分析法,是对表型差异显著的亲本及具有极端性状的子代混池,进行高通量测序,从而检测与目标性状关联的位点的方法。该方法是性状定位的一个有效手段。BSA的技术方法主要有四种,分别是MutMap、MutMap+、MutMap-Gap、QTL-seq。
研究通过QTL定位和BSA-seq挖掘到控制莲花色的NnMYB5及其靶基因NnGST2,揭示了亚洲莲花瓣颜色形成的调控机制。研究通过红色和白色亚洲莲F2群体的QTL定位,明确了控制亚洲莲花瓣颜色分化的候选基因NnMYB5,并对213个莲种质资源进行基因分型发现包含NnMYB5基因的一个80 kb存在/缺失结构变异(PAV)与花瓣颜色关联。进一步,转...
(1)BSA-QTL:用AA群亲本分别和AA群F2的20个最高高秆和20个最矮矮秆进行混池测序,形成两个DNA库。 (2)GBS-QTL:用BA F2群的303株进行简化基因组测序。 (3)QTL验证:用BA组的F1代自交产生的1241株F2代作为验证群体。 (4)RNA-Seq:取半矮突变体Ari1327和野生型Ari971的茎尖进行转录组测序。
几乎所有变异检测的软件或流程出来的结果都是需要过滤的。因为每个人认为可靠的 SNP 的标准是不同的。比如有些人觉得测序深度要10X,有些人觉得5X就足够了。在TBtools的这个Pipeline中,我们直接用默认的。逻辑上对BSAseq影响不大。 这一步逻辑上非常快。事实上,整体流程瓶颈还是在比对。等待几分钟即可。
BSA分析中QTL-seq 分析:95% 99%阈值置信区间是如何计算的 这里R语言源代码,有兴趣的可以研究看看 ### Arg<-commandArgs(TRUE) ###input### individual_analysis<- c(Arg[1]) reprication<-c(Arg[2]) filter_value<-c(Arg[3]) population_structure<-c(Arg[4]) #RIL ...