在Huang J等人的研究中,出现转录组和qPCR结果的不一样(甚至趋势相反的情况),文章也对这种情况进行了探讨[2]。 因此在这里小派总结了几个可能影响转录组和qPCR一致性的原因: 1 样本是否为同一批次: 因为RNA的表达具有时空特异性,不同批次处理的样本之间本身可能存在一定的差异,所以做qPCR验证的时候建议是直接用转录...
做完qPCR后,我们会得到基因在样品里的相对定量结果(一般使用2-∆∆Ct),而在转录组中也有这些基因log2fc结果,如下: 针对于这两个数据的展示,通常有以下几种图: 1、柱状图: a.基于qPCR的相对定量结果,引用excel的函数(log、average、stdev)求得log2fc和标准差; b.将qPCR和转录组的数据整理(qPCR和RNA-seq...
RNA-seq 通常用于大规模探索和功能筛选,其结果反应的是样本整体的基因表达变化趋势,但不能保证每一个基因的变化趋势都与qPCR 一致。RNA-seq 与qPCR 是基于两种不同原理的实验技术, 两 发布于 2024-05-09 10:14・IP 属地上海 赞同 分享收藏 写下你的评论... 还没有评论,发表第一个评论吧...
做完qPCR后,我们会得到基因在样品里的相对定量结果(一般使用2-∆∆Ct),而在转录组中也有这些基因log2fc结果,如下: 针对于这两个数据的展示,通常有以下几种图: 1、柱状图: a.基于qPCR的相对定量结果,引用excel的函数(log、average、stdev)求得log2fc和标准差; b.将qPCR和转录组的数据整理(qPCR和RNA-seq...
因为RNA的表达具有时空特异性,不同批次处理的样本之间本身可能存在一定的差异,所以做qPCR验证的时候建议是直接用转录组测序返样的RNA。并且当我们在转录组测序中发现非常明显的离群样本时候,避免这种个体特异性导致结果不准确,可以在做转录组分析和后续验证时候剔除这种离群样本。
因为RNA的表达具有时空特异性,不同批次处理的样本之间本身可能存在一定的差异,所以做qPCR验证的时候建议是直接用转录组测序返样的RNA。并且当我们在转录组测序中发现非常明显的离群样本时候,避免这种个体特异性导致结果不准确,可以在做转录组分析和后续验证时候剔除这种离群样本。